Филарет благодаря незаурядным личным качествам и богатому опыту, приобретенному как в периоды взлетов, так и за годы гонений и невзгод, стал одним из крупнейших политиков первой трети XVII в. Вступив на патриарший престол, он до самой смерти в 1633 г. не только стоял во главе церковной организации, но и руководил правительством, фактически став соправителем своего сына с титулом «великий государь патриарх». Все грамоты писались от лица обоих великих государей. По словам Б. Ф. Поршнева, Филарет был «фактически первый царь династии Романовых, хотя из-за навязанного ему духовного сана он принужден был действовать в роли соправителя своего почти бессловесного сына». Будучи фактическим правителем страны, Филарет стремился всячески соблюдать все внешние прерогативы царского сана. Имя Михаила во всех грамотах всегда стояло впереди имени патриарха, а сам он немало потрудился над укреплением царского трона. Его собственные самовластные устремления не преследовали цели возвышения церкви за счёт государственного начала. Для Филарета укрепление позиций русской церкви, упрочение ее авторитета было связано с усилением государства и укреплением его структур. Полученный им титул «великого государя» он носил не как патриарх, а Как отец правящего монарха. Будущих патриархов Филарет не видел царскими соправителями, хотя, вероятно, не мог не осознавать опасность для царской власти созданного им прецедента. Не случайно, видимо, выбранный им перед кончиной преемник, архиепископ псковский Иоасаф, был «смирен и благочестив».
В начале своей государственной деятельности Филарет, как и прежнее правительство, при разработке и осуществлении мер по ликвидации разорения и запустения страны опирался на Земский собор. В своей совокупности эти меры были призваны усилить денежные поступления в казну, причем главным образом не за счет единовременных и чрезвычайных сборов, как это было раньше (в 1614–1619 гг. запросные и «пятинные» деньги собирались 7 раз), а в результате более прочного восстановления разрушенной экономики страны и государственных финансов. Однако скоро правительство, возглавляемое Филаретом, стало действовать независимо от «совета всей земли». В начале 20-х гг. на соборах уже не ставились вопросы внутренней политики. Они были посвящены сугубо внешнеполитическим вопросам, в разрешении которых правительство нуждалось в помощи Земского собора как общегосударственного органа. После 1622 г. Земский собор не собирался около 10 лет. К этому времени стабилизировалась внутриполитическая ситуация в стране и укрепилось ее внешнеполитическое положение. Дворянство и посадские люди добились от правительства осуществления ряда своих требований: были приняты меры по упорядочению описания земель и налогового обложения. В таких условиях снизилась потребность власти в Земском соборе как постоянно функционирующей государственной структуре.
Его деятельность возобновилась в 1632 г., происходила от случая к случаю и в дальнейшем, как правило, уже не выходила за рамки совещательного органа. Главной проблемой, обсуждаемой на соборах в 30-е — начале 50-х гг., была внешнеполитическая — Смоленская война, отношения с Крымом, судьба взятой казаками турецкой крепости Азов, русско-польские отношения и вхождение в состав России Левобережной Украины. Решение их требовало ясной картины военно-финансовых возможностей, что определяло обсуждение на соборах положения служилых людей и других сословий, сбора информации об их нуждах, принятия мер налогового характера. На соборе 1648–1649 гг. при участии выборных сословных представителей был составлен новый правовой кодекс. В этот период активизируются выступления служилых и торговых людей, помимо соборов, обращавшихся к правительству со своими запросами посредством коллективных челобитных.
В литературе высказаны различные мнения относительно участия Земского собора во вступлении Алексея Михайловича на царство в 1645 г. Учитывая, что уже в 1613 г. произошло утверждение не только собственно Михаила Федоровича, но и династии Романовых, Земский собор 1645 г., о котором сохранились лишь несколько разноречивых сведений, не избирал нового царя, а утверждал законного наследника в качестве главы государства. Это, по авторитетному мнению Л. В. Черепнина, прямо вытекало из идеологии и политической доктрины сословно-представительной монархии. В этом находили воплощение и признание законности династии, и освящение ее божественным промыслом.