Крепостная архитектура стен и башен монастырей, теряющих свое оборонительное значение, становилась более нарядной, не такой суровой, как раньше (Новодевичий, Донской, Данилов, Троице-Сергиев, Спасо-Евфимьев, Иосифо-Волоцкий и другие монастыри). Церковь, стремившаяся не выпустить из-под своего контроля зодчество, пыталась в 40—50-е гг. вернуться к строгому монументализму. Примером тому могут служить Патриаршие палаты Московского Кремля (1643–1655) с Крестовым залом, сводчатой палатой без столпов, одной из любимых конструкций зодчих XVI в. Палаты были построены мастером Аверкием Мокеевым, архитектором патриарха Никона, руководившим строительством патриарших Валдайского Иверского и Воскресенского Ново-Иерусалимского монастырей в 50-е гг. По замыслу грандиозного проекта патриарха Никона в монастыре должны были повториться главные иерусалимские христианские святыни, с тем чтобы теория «Москва — Новый Иерусалим» получила не только идейное, но и материальное воплощение. Воскресенский храм строился по образцу Иерусалимского храма «над Гробом Господним». Строительство затянулось, заканчивал его в конце 80-х — начале 90-х гг. другой зодчий — Яков Бухвостов. Зодчие, пользуясь чертежами и описаниями; воспроизвели основную конструкцию и элементы иерусалимского храма, но придали ей типично русские черты, широко используя многоцветные поливные изразцы в обработке фасадов и интерьера. Создателями изразцов были белорусские мастера Петр Заборский и Степан Иванов, имевший прозвище Полубес.
Вслед за патриархом большими строительными проектами увлеклись и некоторые из церковных иерархов. В 60—80-е гг. при ростовском митрополите Ионе Сысоевиче развернулось бурное строительство митрополичьего двора (Ростовского кремля). На берегу озера Неро вырос сказочный «град Китеж», «вертоград Божий» на земле. Предполагают, что зодчим, воплотившим в камне замысел митрополита, был крестьянин Петр Досаев. Ансамбль Ростовского кремля поражает удивительной органичностью, цельностью архитектуры и фресковой росписи, покрывающей стены местных храмов. Архитекторы и живописцы достигли совершенства, познав чувство меры, выраженное в сочетании строгости и простоты с нарядностью и красочностью.
В XVII в. бурно развивается строительство в таких городах, как Ярославль, Кострома, Вологда, Рязань. Размах, красота, оригинальность, свой «творческий стиль» в архитектуре и живописи позволяют говорить о ярославской школе. Церковь Ильи Пророка (1647–1650), церковь Иоанна Златоуста (1649–1654) в Коровницкой слободе, церковь Николы Мокрого (1665–1672), церковь Иоанна Предтечи в Толчковской слободе (1671–1687), церковь Богоявления (1684–1693) — таков далеко не полный перечень «вершинных», лучших памятников, для которых характерен особый ярославский колорит, неотделимый от редкостных по рисунку и цвету изразцов.
В Москве и в других городах строят для себя каменные дома богатые бояре, дворяне и купцы. В каменной гражданской застройке проявились отказ заказчиков от былой простоты и строгости и явно выраженное стремление к нарядности (резьба наличников, шатровые крыльца, крытые галереи-переходы и др.). Палаты думного дьяка Аверкия Кириллова на Берсеневке (1656–1657), палаты боярина Волкова в Большом Харитоньевском переулке (конец XVII в.), дом купца Коробова (конец XVII в.) в Калуге сильно отличаются от палат псковских купцов Поганкиных, построенных в старых традициях (мощные стены, маленькие «глазки» окон).
В последней четверти века в Москве идет интенсивное церковное строительство: посадские церкви Григория Неокесарийского (1657–1669) на Большой Полянке и Николы в Хамовниках (1676–1682), храм Николы в Пыжах (1657–1670), построенный на стрелецкие деньги, Крутицкий теремок (1694) на подворье Крутицкого митрополита, усадебная церковь Троицы (1687–1688) в Останкине и др. В то же время строится немало зданий общественного назначения — Печатный (1679) и Монетный (1696) дворы, Аптекарский приказ на Красной площади (90-е гг.),
В последние десятилетия XVII в. получает распространение стиль, именуемый «московское барокко», или «нарышкинский» стиль (поскольку заказчиками большинства храмов были бояре Нарышкины, родственники второй жены Алексея Михайловича Натальи Кирилловны Нарышкиной). Но первые постройки, принадлежащие к этому стилю, появились во владениях князей Прозоровских (церковь Бориса и Глеба в Зюзине, 1688). «Нарышкинская» архитектура отразила, с одной стороны, дальнейшее развитие отечественного зодчества, с другой — интенсивные контакты с культурой белорусских и украинских земель. Характерными чертами нового стиля стали устремленность ввысь, многоярусность, симметричность композиции, высокий рельеф декоративной резьбы по белому камню, цветные изразцы, раскраска фасадов, высокие, украшенные богатой резьбой иконостасы и др.).