Само восстание началось под лозунгом восстановления на троне чудесно спасшегося от боярского заговора царя Дмитрия. Фундаментальная слабость была, однако, в том, что носителя имени не было. Существовала некая личность у супруги арестованного Ю. Мнишка, выдававшая себя за царя Дмитрия Ивановича. По некоторым предположениям то был Михаил Молчанов, довольно близко стоявший к Самозванцу. Именно он вручил распоряжение о воеводской власти И. Болотникову, который возвращался из турецкого плена кружным путем. Реальным политическим центром был Путивль, где распоряжался князь Г. Шаховской, один из вдохновителей восстания и «всей крови заводчик». Но воеводы повстанческих армий не слишком были склонны считаться с центром, где отсутствовал истинный монарх. Не очень они считались и друг с другом. Поэтому не приходится говорить о реальной координации действий. К тому же репрессивные моменты ярко проявились там, где действовал Болотников, и почти незаметны в полосе движения Пашкова. Конечно, казнили не за принадлежность к дворянству, а за измену царю Дмитрию. Пашков же плененных воевод и знатных лиц отсылал в Путивль. Как бы то ни было, внутри командования объединенных сил повстанцев под стенами столицы нарастали противоречия. Они завершились переходом на сторону Шуйского в середине ноября рязанских дворян во главе с П. Ляпуновым, а в дни решающих боев в начале декабря 1606 г . — И. Пашкова со своими отрядами. Повстанцы были разбиты в тяжелых трехдневных боях и отступили к Калуге и Туле.
Второй этап характеризуется динамическим равновесием. Из Путивля в Тулу прибывает новая рать во главе с новым самозванцем, «царевичем Петром Федоровичем» (Илейкой Муромцем), вобравшая в себя терских и донских казаков, казачьи станицы с Украины и Запорожья. В это время на русской территории оказывается целый ряд отрядов воинских людей из пограничных воеводств Речи Посполитой, призванных на помощь царевичем Петром. Основные силы болотниковцев были осаждены в Калуге. Несколько крупных сражений в конце зимы—весной 1607 г . имели переменный успех. Однако в начале мая повстанцы наносят царским войскам решительное поражение невдалеке от Калуги, правительственная рать отступает от ее стен. Все крупные отряды повстанцев соединяются в одну рать в Туле.
Полная мобилизация всех военных ресурсов правительством Шуйского (Сигизмунд в то время был занят военными действиями в Польше против восставшей шляхты ряда воеводств) позволила ему перейти в стратегическое наступление. Прежде, в кровопролитном бою была парирована попытка конной рати повстанцев с артиллерией прорваться к Москве. Любопытно, что ею командовали И. Болотников (в качестве главного воеводы) и князь А. Телятевский, бывший его хозяин (Болотников до пленения крымскими татарами был боевым холопом-послужильцем у князя). С большим трудом царским воеводам удалось разбить конные отряды болотниковцев. Со второй декады июня 1607 г . начинается почти четырехмесячная осада Тулы огромной царской армией. Только начавшийся голод и затопление крепости (в результате устройства запруды на р. Упе) вынудили повстанцев сдать ее в начале октября. Условия сдачи были почетны. Аресту подверглись только предводители восстания, основная же масса осажденных была отпущена.
Так закончилось восстание Болотникова, завершилась, по словам одного современника, «сия же горькая скорбь, не бысть такова николи же...». Трудная победа над болотниковцами сулила, казалось, желанное успокоение общества Шуйский не рискнул продолжить кампанию. Полного замиренья не наблюдалось. В Поволжье ряд районов отказывал в повиновении. Да что там отдельные уезды — вся Северщина по-прежнему не признавала власти царя. И все же радость правителя была велика. Она пролилась на командный и рядовой состав царской армии выплатами денежного жалованья, ростом поместных окладов, пожалованиями части поместий в вотчину, повышением рангов дворовым и пожалованиями в дворовые чины городовых дворян. По их челобитьям возвращались из опал те, кто участвовал на стороне повстанцев на ранних этапах борьбы. Василий Иванович Шуйский не забыл и себя. В январе 1608 г . он переезжает в новый дворец в Кремле. В том же месяце 56-летний царь сочетался браком с юной княжной из рода князей Буйносовых-Ростовских. Через две недели был повешен на Серпуховской дороге, за стенами города «царевич Петр». Незаконный сын муромского посадского человека, наймит на Волге, холоп, а перед превращением в сына царя Федора служитель терского казака, он отличился особой свирепостью в расправах с плененными сторонниками Шуйского. Болотникова сослали в Каргополь. Примерно через полгода он был ослеплен, а вскоре его утопили. Суровый и жестокий к врагам, он обладал несомненными военными талантами и был непреклонен в исполнении задуманного.