Казацкая верхушка во главе с преемником Хмельницкого на посту гетмана Иваном Выговским, значительная часть которой состояла, как и сам новый гетман, из выходцев шляхты, стремилась занять в украинском обществе то место, которое в нем до освободительной войны занимала шляхта. Такие действия наталкивались на сопротивление широких кругов «показачившихся» в годы освободительной войны крестьян и мещан, добивавшихся признания за ними казацкого статуса, предполагавшего, в частности, освобождение от налогов. В борьбе со «своевольниками», находившими себе опору на Запорожье, казацкая верхушка ожидала поддержки и помощи от русского правительства. Русское правительство, однако, предпочло выступить в роли посредника. Недовольная этим казацкая верхушка решила искать соглашения с Речью Посполитой, которая, казалось, ослабленная долголетней войной, должна была пойти навстречу ее требованиям. Кроме того, гетманство в рамках Русского государства было периферийным политическим образованием, не способным серьезно влиять на принимавшиеся в Москве решения. Казацкие полковники рассчитывали, что гетманство войдет в состав Речи Посполитой как ее третий равноправный член — «Великое княжество Русское» наряду с Польшей и Литвой. 16 сентября 1658 г. в Гадяче был заключен договор с представителями Речи Посполитой, в значительной мере учитывавший эти пожелания. После этого Выговский, подавив выступления «своевольников», объявил о разрыве с Россией, и Алексей Михайлович направил на Украину свою армию.
Выговский получил поддержку из Речи Посполитой, к нему также пришел на помощь с главными силами орды не желавший усиления России крымский хан Мехмед-Гирей. 18 июня 1659 г. под Конотопом русская армия потерпела серьезную неудачу (передовой полк попал в татарскую засаду и был уничтожен) и отступила к русским границам. Крымская Орда, обойдя Белгородскую черту, вторглась в южные уезды Русского государства.
Тем временем выработанный в Гадяче текст соглашения был представлен на рассмотрение сейма, где он подвергся серьезным изменениям. Гетманство должно было занимать лишь часть украинских земель, особого статуса третьего равноправного «члена» Речи Посполитой оно не получило. Кроме того, постановления сейма предусматривали восстановление на этих территориях традиционного административного аппарата и возвращение магнатам и шляхте их владений. В таком виде Гадячский договор был не нужен не только «показаченным» крестьянам и мещанам, но и казацкой верхушке, которая должна была превратиться и на территории гетманства во второстепенную социальную группу. В результате Выговский утратил всякую поддержку на Украине, вынужден был отказаться от гетманства и бежал в Польшу. Новым гетманом был избран сын Богдана Хмельницкого Юрий. На новой казацкой раде в Переяславе в октябре 1659
г. бьио заключено новое соглашение, определявшее положение гетманства в составе Русского государства. Автономия гетманства была ограничена по сравнению с соглашениями 1654 г., в частности, в целом ряде городов (Переяслав, Нежин и др.) были размещены русские гарнизоны. Однако, несмотря на эти ограничения, новое соглашение давало украинскому обществу, и в особенности казачеству как его социальной верхушке, несравненно больше, чем Гадячский договор.