Вместе с тем реформы имели и значительные негативные последствия. Произошло обесценивание сбережений населения. Обострились социальные проблемы общества, такие как безработица, невыплата заработной платы, падение жизненного уровня. Это имело удручающий морально-психологический эффект, превративший часть населения в противников реформ, что способствовало углублению политического кризиса. Проведенная приватизация фактически превратилась в раздачу государственной собственности за минимальные суммы чиновникам, директорскому корпусу и криминальным группам. В ходе первоначального накопления капитала немалая часть предприятий оказалась под влиянием криминальных структур. Легализовав значительные средства, криминальные элементы стали рваться во власть.
Экономические трудности привели к тому, что финансовая поддержка государством науки, образования и культуры стала минимальной. Массовый характер приняла «утечка мозгов» за границу, особенно представителей естественных и технических наук.
Однако кризис 1998 г. имел и позитивные последствия. Рост цен на импорт стимулировал отечественную промышленность, особенно легкую и пищевую. Политическая стабильность, достигнутая с приходом к власти В.В. Путина, положительно сказалась на показателях развития российской экономики. Страна вступает на принципиально новый этап своего развития, который может привести к определенным позитивным результатам при условии грамотного принятия политических решений.
В декабре 1994 г.
в Чечне начался военный конфликт. Власти России использовали армию для свержения режима Д. Дудаева, что привело к многочисленным человеческим жертвам, усилило внутреннюю политическую и экономическую напряженность. В 1996 г. война в Чечне, несмотря на проходившие переговоры о ее прекращении, продолжалась. В апреле погиб Джохар Дудаев, и руководство Республикой Ичкерия перешло к З. Яндарбиеву. В мае Б.Н. Ельцин провел с ним переговоры о прекращении боевых действий с 1 июня, но договоренность не была выполнена. В августе боевики предприняли новый штурм Грозного. А.И. Лебедь, став секретарем Совета безопасности, получил от президента чрезвычайные полномочия по урегулированию положения в Чечне и добился прекращения войны (так называемые Хасавюртовские соглашения). С декабря 1994 г. по май 1996 г. в Чечне погибло 8 тыс. солдат федеральных войск и 2,5 тыс. чеченских боевиков, а также тысячи мирных жителей.В январе 1997 г. президентом Чечни был избран А. Масхадов. В мае того же года Ельцин и Масхадов подписали Договор о мире и принципах взаимоотношений между РФ и Республикой Ичкерия. Однако напряженность в этом регионе не ликвидирована. Чечня превратилась в оплот терроризма и коррупции.
В августе 1999 г.
нападением на Дагестан и рядом крупных террористических актов чеченские боевики спровоцировали начало новой военной кампании на Северном Кавказе. Федеральные войска вновь были введены на территорию Чечни. В течение 2000–2001 гг. антитеррористическая кампания на территории Чечни привела к разгрому основных банд чеченских сепаратистов и исламских наемников-ваххабитов. Однако чеченские террористические группы получают финансовую и организационную поддержку международных исламских террористических организаций, возглавляемых лидером исламских экстремистов Усамой бен Ладеном. На территории Афганистана ведется подготовка террористических групп для продолжения военных действий в Чечне.