Опричные казни и репрессии вызвали глухой ропот среди боярства, духовенства и простолюдинов. В мае митрополит Афанасий в знак протеста сложил сан и отправился на покой в Чудов монастырь. Иван Грозный понял, что надо искать пути примирения с подданными.
К числу таких попыток следует отнести Земский собор 1566 г., на который было приглашено 374 человека от всех сословий (кроме крестьян). На нем обсуждался главный вопрос — продолжать ли Ливонскую войну до окончательной победы или ограничиться уже сделанными небольшими территориальными приобретениями. На заседании собора все выразили готовность поддержать царя в борьбе за свою «отчину». Но при этом несколько дворян попросили отменить кровавую опричнину и не делить государство на части. По этому вопросу царь ни на какие уступки не пошел, полагая, что с главными врагами, т. е. с Владимиром Старицким и сепаратистским Новгородом, он еще не расправился.
Опричниной были недовольны и представители духовенства. Новый митрополит Филипп Колычев (до этого был хорошо известен как игумен Соловецкого монастыря) начал открытую борьбу с царским нововведением. В своих публичных проповедях в Успенском соборе он начал критиковать Ивана Грозного за то, что тот проливал кровь невинных христиан. Один раз Филипп смело обратился к царю и заявил, что Бог раз поднял его выше всех, то и взыщет суровее за всех напрасно убиенных.
Естественно, что обличения православного пастыря не могли не возмутить Ивана, считавшего себя вправе казнить или миловать подданых по собственному усмотрению. Поэтому он потребовал отставки Филиппа. В ноябре 1568 г. Освященный собор свел митрополита с кафедры и сослал в Отроч-Успенский монастырь в Твери. Там приблизительно через год Филипп был задушен Малютой Скуратовым.
После Земского собора Иван IV начал готовиться к новому Ливонскому походу. Узнав об этом, польский король Сигизмунд II отправил виднейшим московским боярам и полководцам (И. Ф. Мстиславскому, М. И. Воротынскому, И. Д. Бельскому и И. П. Фёдорову) письма с приглашением перейти к нему на службу. Но они попали к царю, и вельможи с трудом смогли оправдаться. Подозрения в их адрес все же остались. Поэтому сентябрьский поход в Ливонию так и не состоялся. В неудачах царь стал обвинять подданных, в первую очередь И. П. Фёдорова, который без разбирательства был казнен. Через год, в сентябре 1569 г., погиб и самый главный соперник Ивана Грозного Владимир Старицкий. Предположительно, он был обвинен в смерти царицы Марии Темрюковны и отравлен. С его кончиной удельная система фактически перестала существовать.
По мере того как обстановка в Русском государстве все больше и больше ухудшалась (бесчинства опричников, казни и опалы возмущали многих русских людей), соседнее Великое княжество Литовское существенно укрепилось. В 1569 г. оно подписало с Польшей унию об объединении и вошло в состав единой Речи Посполитой. Теперь России на западных границах уже противостояла мощная объединенная армия, оснащенная и обученная по европейскому образцу. Чувствуя свою силу, Сигизмунд II обратился с письмами с предложениями о принятии подданства не только к московским боярам, но и к жителям Новгорода и Пскова. Возможно, у некоторых они вызвали колебания по вопросу: кому служить? Особенно подозрительной для царя показалась сдача литовцам мощной крепости Изборск.
Иван Грозный давно смотрел с подозрением на крупнейший и богатейший торговый город на Западе — Новгород. Новгородские власти продолжали сохранять право на самостоятельные международные контакты, купцы ездили для торговли в соседние недружественные царю страны, заботясь лишь о своей выгоде. Поэтому он стал готовиться к решающему удару по вызывающим его недовольство сепаратистам.
Перед походом на Новгород официально было объявлено, что новгородские власти задумали перейти в подданство к польско-литовскому королю, извести царя Ивана и посадить на московский трон Владимира Старицкого. Несомненно, повод был явно надуманным, поскольку после отделения от Русского государства новгородцев уже не должна была интересовать судьба царя. К тому же Владимира Старицкого уже не было в живых.
В начале января 1570 г. опричники ворвались в город. Вся новгородская верхушка во главе с архиепископом Пименом была схвачена. После прибытия царя начались казни. Современники зафиксировали, что в течение пяти недель ежедневно подо льдом в водах Волхова гибло от 1000 до 1500 человек. Обезлюдели и были разграблены все окрестности в радиусе 300 км. Особенно пострадали церкви и монастыри. Все их сокровища стали собственность царя и были вывезены в Москву. В итоге Новгород как религиозный центр, соперничающий со столицей, перестал существовать. Окончательно подорвана была и его экономика, существенно уменьшились людские ресурсы.