Вторая чеченская кампания.
Первым вызовом для нового премьера стала чеченская проблема. Новая операция федеральных войск в Чечне началась как ответ на вторжение в августе 1999 г. боевиков Ш. Басаева в Дагестан. Всю первую половину года федеральные власти бездействовали, несмотря на очевидную активизацию террористов в Чечне.Еще во время первой чеченской кампании на территории республики сложились мощные преступные группировки, возглавляемые полевыми командирами Шамилем Басаевым, Салманом Радуевым, Русланом Гелаевым и др. Каждый из полевых командиров претендовал на реальную власть в Чечне. По существу, власть президента Аслана Масхадова распространялась лишь на центр Грозного. На административной границе с Чечней постоянно происходили конфликты, участились случаи похищения людей с целью выкупа. Криминализация обстановки в республике достигла такого уровня, что стала реально угрожать национальной безопасности России. На территории Чечни открыто действовали учебные центры по подготовке террористов, территория Северного Кавказа все активнее использовалась для производства и сбыта наркотиков.
Подписывая 30 августа 1996 г. в Хасавюрте договор о так называемом отложенном статусе Чечни, федеральная сторона рассчитывала до 31 января 2001 г. нормализовать ситуацию в мятежной республике. Для этого предлагалось массированно вложить деньги в восстановление экономики Чечни и тем самым погасить социальную напряженность. На практике произошло прямо противоположное. Правовая неопределенность лишь способствовала эскалации в республике насилия и беззакония. За три года после Хасавюрта на территории России укрепилось террористическое государство, поддерживаемое экстремистскими кругами некоторых исламских стран. Политические лидеры Чечни вынашивали планы захвата всего Кавказа и создания исламского теократического государства «Великая Ичкерия». Первым шагом на этом пути должно было стать насильственное объединение с Дагестаном.
В августе 1999 г. несколько тысяч хорошо вооруженных чеченских боевиков Ш. Басаева и Хаттаба вторглись в Ботлихский и Цумадинский районы Дагестана. Ваххабиты очень тщательно готовили операцию, пытаясь представить вторжение как мятеж религиозных фанатиков. В условиях, когда центробежные тенденции в отношениях федеральных властей и регионов страны все еще сильны, это был серьезный вызов целостности Российской Федерации. Именно это обстоятельство предопределило жесткие действия правительства В. Путина, который взял на себя всю ответственность за проведении операции, а также и беспрецедентно резкую позицию, в понимании Запада, президента Б. Н. Ельцина на саммите ОБСЕ в Стамбуле.
Ценой больших усилий командование федеральных сил смогло разгромить вторгшихся в Дагестан боевиков. В самый разгар антитеррористической операции в Буйнакске, а затем в Москве и Волгодонске были произведены теракты, в результате которых погибли сотни невинных граждан. Вторжение боевиков в Дагестан и террористические акты радикально изменили настроение российского общества в отношении Чечни. В выступлении перед депутатами Государственной думы премьер‑министр В. Путин призвал «переоценить» Хасавюртовские соглашения с Чечней. Нежелание официального Грозного сотрудничать с Москвой в поимке террористов превратило Масхадова в их пособника и дало федеральному центру моральные и юридические основания для ввода в начале октября войск в Чечню.
Учтя опыт предыдущей кампании, российские военные отказались от лозунга «победа любой ценой» и изменили тактику.
На первом ее этапе (до середины октября 1999 г.) после локализации зоны боевых действий использовались главным образом авиация и дальнобойная артиллерия. Однако невозможность массового применения тяжелых видов снаряжения, из‑за специфики локального вооруженного конфликта, заставляла федеральные силы обходить населенные пункты, договариваться со старейшинами. И эта тактика имела успех. Благодаря сочетанию ударов авиации и огня артиллерии федеральные войска овладевали большинством населенных пунктов с минимальными потерями. Однако добиться успеха в операциях в Чечне совсем без боевых потерь не удалось. По сведениям командования объединенной группировки, к 12 ноября 2000 г. в Чечне погибло 2600 российских военнослужащих. Единственным населенным пунктом на первых этапах операции, в котором шел длительный бой с применением тяжелого вооружения и специальных общевойсковых формирований и сил МВД, являлся Грозный. В начале февраля 2000 г. операция по освобождению города была завершена; в Заводском районе над одним из административных зданий был водружен российский флаг. Одновременно с боями за Грозный происходило освобождение предгорных и горных районов Чечни. В 2000 г. федеральным силам удалось занять большую часть территории Чечни.
В июне 2000 г. был осуществлен первый шаг по созданию в Чечне государственной власти. Главой администрации был назначен бывший муфтий Чечни Ахмад Кадыров.