Города были расположены в десятках, порой сотнях километров друг от друга (на Западе — 25–30 км), а ещё более удалены от дальних сельских поселений. Дороги были грунтовыми и весной и осенью превращались в месиво. Это приводило к тому, что изделия ремесленников с трудом доставлялись в села и деревни. Поэтому основная часть населения — крестьянство — продолжала зачастую обходиться собственным производством необходимых изделий. Правда, уже зарождались местные рынки, но они не охватывали районы вновь освоенных земель. Развитие городов, ослабленных в течение десятилетий ордынскими разгромами и междоусобными войнами, не поспевало за быстро развивающимся крестьянским хозяйством. Это замедляло и затрудняло весь процесс хозяйственного развития страны.
Заметно оживилась торговля. Это выражалось в том, что торговые связи, несмотря на удаленность городов друг от друга и трудности с дорогами, все же с каждым десятилетием крепче «стягивали» Русь воедино. «Гости», ведующие зарубежную торговлю, пробивались не только на рынки Крыма, Литвы, Скандинавии, Кавказа, но доходили до отдаленных стран Западной Европы. Именно они привозили в Москву и другие крупные города «заморские» товары — вина, ткани, посуду, а на Запад везли традиционные товары русского экспорта — меха, льняные ткани, воск. Первоклассное русское оружие и доспехи вывозить за границу запрещалось.
В городах началось объединение торговцев, ремесленников, огородников в территориальные организации — сотни, полусотни. Крупное богатое купечество создавало свои профессиональные организации. Так появились корпорации «гостей» — купцов, ведущих иностранную торговлю, а также купцов-суконщиков.
Территориальные и профессиональные организации купцов и ремесленников стали основой зарождения в России, как и на Западе, городского самоуправления. В своей деятельности по управлению городами великокняжеские наместники опирались теперь на организации купцов и ремесленников. Они помогали в сборе налогов, отбывании повинностей, отвечали за поддержание некоторых городских построек (например, городских житниц, где хранилось зерно), благоустройство улиц, дорог, за участие городского ополчения в военных походах.
Но главной силой в городе оставались феодалы — князья, бояре. Их богатые городские усадьбы, полные слуг, были главными постройками городов, а их влияние оставалось подавляющим и в новом государстве. Они стали слугами государя, но сохраняли экономическую и политическую власть в русских городах.
Русская православная церковь всеми силами защищала и поддерживала объединение русских земель вокруг Москвы, укрепление великокняжеской власти и создание централизованного государства. Благодарные великие князья всячески поддерживали церковь, предоставляли ей новые земельные владения, делали в монастыри и церкви богатые вклады деньгами, дорогими вещами, предоставляли церковным земельным собственникам налоговые льготы, позволяли им самим судить и рядить живущих на их землях людей. Такой порядок на Западе назывался иммунитетом, утвердился он и в России.
Особенно авторитет Русской православной церкви вырос после падения Константинополя и превращения русской церкви с середины XV в. в автокефальную, т. е. самостоятельную, организацию, независимую от константинопольского патриарха. Теперь это была самая крупная, богатая, хорошо организованная православная церковь в Евразии.
Большую помощь церковь оказала великокняжескому престолу в борьбе с католической агрессией Запада и освобождении Руси от власти Орды. Митрополит Геронтий активно побуждал заколебавшегося в 1480 г. Ивана III к решительной борьбе с нашествием Ахмата.
Однако по мере укрепления центральной власти позиция церкви становилась слабее. Великие князья Иван III и Василий III не могли согласиться с существованием государства в государстве. А церковь с её огромным религиозным влиянием, земельными богатствами, многочисленными льготами стала порой соперничать с великокняжеской властью. Началось сокращение налоговых и судебных льгот церкви. Великие князья стали ограничивать церковь в дальнейшем расширении земельных владений.
Но церковь в XV — первой половине XVI в. по-прежнему оставалась мощной религиозной и нравственной силой, одним из богатейших землевладельцев на Руси. Монастыри, другие церковные организации были средоточием больших культурных ценностей. Здесь создавались летописи, рождались живописные шедевры, действовали школы. И великокняжеская власть не могла не учитывать все эти моменты.