Все это учитывал Борис Годунов, начав свое правление. С целью привлечь на свою сторону дворян, он устроил раздачу им жалованья, задержанного прежде. Многих бояр повысил в чинах. Для облегчения участи простых людей новый царь отменил все недоимки по налогам, облегчил само налоговое бремя. Годунов всячески поощрял торговлю как внутри страны, так и с зарубежными странами, давал купечеству различные льготы. В то же время в благодарность за поддержку Борис восстановил ряд податных привилегий церкви, отмененных ранее Грозным.
И конечно, он всячески стремился поддержать хозяйство среднего служилого класса — дворян. Именно в их пользу он жертвовал крестьянскими интересами. Годунов всячески возвышал незнатных, но способных людей, противопоставил их родовитому боярству. В этом он предвосхитил позицию Петра I. Но в свою очередь новый царь требовал от дворян честной и деятельной службы, что не нравилось некоторым из них, привыкшим к вольной жизни и необременительной службе. К тому же Годунов преследовал казачество, жестоко наказывал, в том числе дворян, за сношения с этими «рыцарями дикого поля». Он пытался ввергнуть казаков в тягло (налоги, работы, включая труд на государственных пашнях), что вызывало в свободолюбивом казачестве резкие протесты.
Пробовал Борис навести порядок и в приказах. Особенно он обрушился на взяточничество. По существу, это был первый русский царь, который поднял руку на чиновников и судей-взяточников. Если во взятках уличали дьяка, то его возили по всему городу и секли плетью. При этом на грудь ему вешали мешок со взяткой, будь то деньги, меха или другой товар. Но взяточничество не уменьшалось. Мздоимцы только стали осторожнее, и цены на их услуги возросли. В лице приказного дьячества Годунов также приобрел злейших противников.
Не отличаясь хорошим образованием, Борис Годунов тем не менее был страстным поборником просвещения. Он высоко ценил западную культуру, любил беседовать с иностранцами, помогал им обустроиться в Москве. При нем расцвела немецкая слобода Кокуй, где была построена протестантская кирха. Этим он вызвал неудовольствие части православного духовенства. Годунов содействовал развитию в стране книгопечатания, строительству типографий в разных городах. Мечтал он о создании школ и даже об открытии университета на западный манер. Первым же из русских царей он стал посылать дворянских детей за границу для обучения разным наукам и ремеслам. Но из 18 посланных ни один не вернулся на родину, все решили остаться жить за рубежом.
Особой страстью нового царя стало строительство, в котором он видел прогресс страны. По его велению появились первые каменные торговые лавки в Москве и каменный мост через реку Неглинку. Дело его рук и постройка колокольни Ивана Великого, на которой до сих пор красуется надпись с именем Бориса Годунова. При нем были возведены астраханский кремль, много храмов и других сооружений. Заботился царь о благоустройстве столицы: прокладывали новые мостовые, а в Кремле соорудили первый водопровод. Воду из Москвы-реки подавали мощные насосы.
Отличался Годунов, как говорили тогда, нищелюбием. Он открывал богадельни для нищих, приказывал оделять бедных людей продовольствием, одеждой, деньгами.
В отличие от Ивана Грозного Годунов был хорошим семьянином, любил жену, обожал своих детей — сына Федора и дочь Ксению, дал им блестящее по тому времени образование. Он не терпел «винопития» и всякие низменные и жестокие забавы, вроде травли людей медведями, которыми услаждались представители элиты.
Казалось, он выполнял все обеты, данные при восшествии на престол. И действительно, страна постепенно стала возрождаться, успокаиваться. Настроение народа, особенно средних его слоев, к которым благоволил Годунов, менялось в пользу нового царя. Этому способствовала его манера общения с людьми: он всегда был ровен, приветлив, дружелюбен. Но за этой мягкой внешностью скрывался железный характер, недюжинная воля, честолюбие, страсть к власти. Добрые начала и помыслы постоянно боролись в его душе с темными страстями. Чувствуя вражду боярства и дьячества, Годунов стал подозрителен, все больше верил доносам. Он поощрял даже доносы холопов на своих хозяев, и те порой с удовольствием мстили своим господам. Царь все больше боялся заговоров, подолгу запирался в своих палатах и не выходил к подданным, окружил себя телохранителями из иностранных наемников.
Вскоре жертвами этой подозрительности стали все тот же Богдан Вельский и его давние соперники бояре Романовы. Вельского за «непотребные» речи против Годунова поставили к позорному столбу и выщипали ему всю бороду — гордость сановного человека.