Годуновы бежали из Кремля и попрятались кто где мог. Толпа ворвалась в опустевший дворец и разгромила его, а затем начала крушить и грабить «храмины» богатых людей, в первую очередь дома семейства Годуновых и близких к ним бояр и дьяков. Захвачены были все винные погреба, люди разбивали бочки и черпали вино: кто шапкой, кто башмаком, кто ладонью. Как писал один современник, «вина опилися многие люди и померли».
В это время подошедший уже к Серпухову Лжедмитрий требовал от своих сподвижников расправы над Годуновыми и их покровителем — патриархом Иовом. Восставшие нашли его, притащили в Успенский собор Кремля, содрали с него патриаршьи одежды и знаки отличия и бросили, плачущего, в повозку, которая увезла Иова в один из дальних монастырей.
Вскоре стрельцы нашли и Федора Годунова с матерью и сестрой, и доставили на их старое московское подворье. Туда же явились посланцы самозванца князья Голицын и Мосальский. Здесь по их приказу стрельцы бросились на Годуновых. Царицу быстро задушили веревками. Федор же отчаянно сопротивлялся, но покончили и с ним. Сестру оставили в живых. Позже её постригли в монахини и отправили в Кирилло-Белозерский монастырь. Выйдя на крыльцо, бояре объявили народу, что царь и царица-мать со страху отравились.
Другие члены царской семьи также были обнаружены и затем высланы. Династия Годуновых прекратила свое существование.
Лжедмитрий торжественно въехал в Москву 20 июня 1605 г. Столица встретила его колокольным звоном.
В тот же день Василий Шуйский, отказавшись от своих прошлых показаний, заявил, что в 1591 г. был убит не царевич, а другой мальчик, царевич же спасся. Через некоторое время Лжедмитрий выехал на встречу с матерью Марией Нагой — монахиней Марфой. Бывшая жена Ивана Грозного признала в Лжедмитрий своего сына.
Теперь дерзкому и изворотливому самозванцу надлежало выполнять свои обещания как перед верхами общества, так и перед средними и низшими его слоями, которые сообща поддержали его. Однако все это оказалось делом совершенно невыполнимым.
И все же Лжедмитрий попытался совершить невозможное, показав большое политическое чутье, ум, находчивость и смелость.
Прежде всего он урегулировал отношения с Боярской думой, подтвердив её полномочия и обещав боярам сохранить их вотчины. Вернул в Москву многих опальных при Годунове бояр и дьяков и в первую очередь оставшихся в живых Романовых. Филарету Романову он предложил скинуть монашескую рясу и вновь войти в Боярскую думу, а когда тот отказался вернуться в мир, удостоил его сана митрополита. В Москву вернулся и маленький Михаил Романов с матерью. Там он встретился с отцом, которого не видел пять лет.
И все же видное московское боярство во главе с В. И. Шуйским в отношении нового царя было настроено враждебно. Он помог им устранить ненавистного Годунова, и теперь они стремились избавиться от самозванца-чужака и взять власть в свои руки.
С первых же дней бояре тайно стали настраивать народ против Лжедмитрия, обличать его за связь с поляками — врагами Русского государства. Это было тем более легко, что поляки, прибывшие с Лжедмитрием, вели себя в Москве нагло, оскорбляли москвичей, заходили в церкви с оружием, обижали женщин.
Вскоре стало известно о заговоре Шуйского против Лжедмитрия. Двое заговорщиков были казнены. Шуйского тоже вывели на плаху. Палач занес над его головой топор, но в это мгновение появился гонец из Кремля с грамотой о помиловании. Шуйского услали из Москвы, но вскоре простили и разрешили вернуться обратно. Боярство готовилось к новой борьбе.
Лжедмитрий стремился завоевать поддержку и доверие духовенства. Он подтвердил ему все старые льготы и привилегии. Однако отцы церкви с подозрением относились к связям нового царя с поляками-католиками.
Лжедмитрий попытался освободиться от польских и казацких отрядов, которые чувствовали себя в Москве победителями и дискредитировали царя. Он заплатил полякам хорошие деньги за службу и предложил вернуться на родину, однако те продолжали оставаться в Москве, кутили, задирали москвичей. Вскоре московское население выступило против насилия со стороны поляков. Дело кончилось побоищем. Лжедмитрий приказал арестовать поляков — зачинщиков беспорядков, но потом тайно отпустил их.
Казаков он также рассчитал и отправил восвояси, чем вызвал их большое неудовольствие. Все холопы, крестьяне, посадские люди были уволены из войска. Так закончила свое существование народная армия самозванца.