Однако расширение не усилило восстание, а скорее ослабило. В его ряды вливались люди, которые никогда не имели дело с боевым оружием — мирные крестьяне, посадские люди, мелкие торговцы, ремесленники. Они не знали, что такое военная дисциплина и тактика боя. Их оружием были вилы, косы, дубины. Посланные на усмирение карательные отряды зачастую довольно быстро рассеивали их и восстанавливали порядок.
Первый штурм Симбирска не увенчался успехом, и Разин начал планомерную осаду города с суши и со стороны Волги.
А в это время пришла в движение вся самодержавно-феодальная, чиновничья, церковная Россия. Правительство Алексея Михайловича бросило значительные силы для защиты тех порядков, которых страна с большим трудом, с неимоверными страданиями добилась в послесмутное время. Разинское движение грозило разрушить стабильность государственной системы, опрокинуть устоявшиеся общественные ценности, как бы несправедливы они ни были в те далекие времена.
Для борьбы с восстанием царь мобилизовал лучшие воинские силы России. Наиболее боеспособные части были стянуты даже с польской границы. В армию включили полки «нового строя» — рейтарские и драгунские части во главе с иностранными офицерами. Во главе карательных войск Алексей Михайлович поставил лучших русских полководцев Ю. А. Долгорукого и Ю. Н. Борятинского.
Не спеша царская армия стала продвигаться к Поволжью. Попутно карательные отряды подавляли очаги сопротивления в отдельных уездах, селах и деревнях.
Долгорукий сурово карал ослушников, повсюду вдоль дорог стояли виселицы с повешенными повстанцами. Сотням людей в наказание отрубали руки, вырывали языки, выжигали на лбу и щеках позорные знаки.
В начале октября 1670 г. за Симбирск разгорелось ожесточенное сражение, в ходе которого повстанцы проявили чудеса храбрости и самоотверженности. Но и войска подошедшего сюда князя Борятинского выказали "высокую боевую выучку, преданность престолу и стойкость. К тому же совершили вылазку и войска гарнизона. Повстанцы попали между двух огней.
Разин дрался в гуще сражения, увлекая своим примером товарищей, однако был ранен сабельным ударом в голову. Истекающего кровью и потерявшего сознание атамана перенесли в один из стругов, которые стояли на берегу Волги под тщательной охраной. В случае поражения для повстанцев это был последний путь к спасению.
Сражение ещё продолжалось, но казацкие атаманы уже отчалили от берега. Их струги летели вниз по Волге, туда, где ладьи легко было перетащить на Дон. А там были уже свои обжитые безопасные края. Разина привезли в Кагальницкий городок, откуда он начал антибоярский поход, а царские войска продолжали громить повстанческие отряды. Дольше всех, около года, держалась восставшая Астрахань, но в конце концов пала иона.
Кое-где очаги восстания ещё вспыхивали, среди крестьян поволжских лесов распространялись грамоты, что атаман вот-вот снова выйдет на Волгу, что он лишь скрывается до поры до времени. Но Разина все не было, а его соратники и помощники один за другим оказывались в царских застенках и клали головы на плаху.
В апреле 1671 г. в Кагальнике был схвачен и сам атаман. Арестовали его домовитые казаки, которые пришли к нему как бы для увещевания, убеждали повиниться перед властями. Но Разин был непреклонен. Он надеялся «собрать новых молодцов и снова пойти в Русь защищать сирых и убогих». Но сделать этого ему не удалось: несколько человек навалились на него, скрутили руки.
Под усиленной охраной в клетке, поставленной на телегу, повезли Разина в Москву. Там он выдержал долгие допросы, в том числе в присутствии самого Алексея Михайловича, перенес неимоверные пытки. Но атаман не потерял присутствия духа, не дрогнул, не выдал своих ещё бывших на свободе соратников.
Степана Разина четвертовали на Красной площади при огромном стечении народа. Вся боярская, помещичья, купеческая Москва вышла посмотреть на смерть своего злейшего врага.
Восстание Степана Разина показало, что уже в то время русское общество было расколото на непримиримые части. Между ними были невозможны переговоры, диалоги, компромисс. Все вопросы решались силой, кровью, взаимным уничтожением. Это стало характерной чертой российской жизни и в последующие времена.
На фоне описываемых событий в Российском государстве нарастали новые крупные общественные противоречия. На этот раз между церковью и государством, или, как тогда говорили, между «священством» и «царством». Чья власть в этом мире выше над людьми — церковная или светская, патриарха или царя?