Вернувшись в Москву в августе 1698 г., Петр поразил современников. Он не захотел останавливаться в кремлевском дворце и сразу проехал в свои покои в селе Преображенском. Уже во время первых приемов бояр, приказных людей Петр лично начал остригать им бороды, приводя в «европейский вид». Не смея перечить царю, многие высокопоставленные бородачи, потеряв свою красу и гордость, заливались слезами. Царь лишь усмехался. Через несколько дней он повторил эту процедуру, а потом выпустил указ о запрещении носить бороды. Те же, кто желал сохранить свое традиционное украшение, были обложены большим налогом. Указ не затронул лишь лиц духовного звания. Так решительно и грубо царь начал «европеизировать» Россию.
Он заставил приближенных сменить старорусскую одежду на короткие европейские суконные кафтаны, треуголки и ботфорты. Расправился он и с нелюбимой женой, приказав постричь её в монастырь, чем сильно травмировал сына Алексея.
И наконец, Петр обрушился на мятежных стрельцов. Он считал, что дознание по этому делу было проведено быстро и поверхностно. Он заново начал следствие и сам принимал в нем активное участие.
Петр установил связь восставших с происками царевны Софьи. Софья была пострижена в монахини. Более двух тысяч стрельцов казнено дополнительно, 195 человек Петр приказал повесить напротив её кельи. Царь вместе со своими соратниками сам рубил головы ненавистным стрельцам.
После расправы с бородами, переодевания придворных в западные костюмы и казни стрельцов Петр приступил к некоторым иным нововведениям в русской жизни.
Россия давно уже нуждалась в высших и средних специальных учебных заведениях. Теперь, в условиях реформирования армии и создания собственного флота, Петр нуждался в специалистах — военных, кораблестроителях, моряках. Познакомившись за рубежом с университетской системой образования, академиями, научно-исследовательскими учреждениями, музеями, он мечтал внедрить нечто похожее и в России. Начал же Петр с создания «навигацкой» (т. е. навигационной) школы в Москве, где приглашенные из Англии преподаватели (а в двух первых классах — русские учителя по русскому языку и арифметике) приступили к обучению учащихся математике, геометрии, картографии, астрономии, навигации и другим наукам, к ознакомлению с морскими инструментами и приборами. Открылись и другие школы. Туда зачисляли юношей — недорослей, боярских и дворянских детей, которые раньше ничему и нигде не учились. Многих Петр заставлял учиться насильно, отрывая от семей, вытаскивал из теплых насиженных родительских углов.
По повелению царя в Москве была открыта новая типография, где предполагалось печатать книги не на старославянском языке, а новым гражданским шрифтом. С 1 января 1700 г. Петр приказал ввести в России летоисчисление не по церковному образцу — от сотворения мира (с 1 сентября), а по европейской традиции — от Рождества Христова. Вместе с новым календарем в Россию пришёл новогодний праздник с елкой. Этот обычай Петр также внедрил, наглядевшись на новогодние торжества в европейских странах. Появились и некоторые другие новшества, пришедшие с Запада.
Так, царь в 1698 г. учредил первый и высший орден России — орден Святого Апостола Андрея Первозванного — покровителя Руси. 20 марта 1699 г. орден Св. Андрея Первозванного № 1 вручен боярину Федору Алексеевичу Головину, «храбростью своею снискавшему себе славу в войне с турками» и блистательно возглавлявшему Великое посольство.
Продолжая борьбу своих предшественников с засильем воевод в российских уездах и городах, Петр в 1699 г. провел городскую реформу. Появляются новые органы городского самоуправления, как на Западе — Ратуша в Москве и земские избы в других городах. Новые органы власти состояли из выборных людей от купцов и верхушки посада во главе с бурмистрами и должны были собирать таможенные пошлины от продажи товаров и кабацких доходов, т. е. от продажи горячительных напитков, в первую очередь водки. Тем самым Петр стремился оградить купечество от воеводской и приказной волокиты и взяток и содействовать оживлению торговли, промышленности и ремесел, а главное — наполнить государственную казну. С этой же целью рядом с Петром появился специальный человек — «прибыльщик» А. Курбатов, который подавал царю идеи о наложении на население косвенных налогов.
Постепенно Петр стал уменьшать значение старых органов власти — Боярской думы и приказов. Количество бояр — членов Думы уменьшилось, старики умирали. Новых назначений царь не проводил. Все больше там появлялось людей приказных, неродовитых. Получалось, что Боярская дума исчезала естественным путем. Скука и запустение царили в Думе: она занималась лишь мелкими вопросами. Все же важные дела решал сам царь со своим ближайшим окружением.
Сокращалось и количество приказов. Часть из них Петр упразднил, другие объединил. Этим он также продолжал политику прежних царствований: приказная система полностью изживала себя. Для новой России, какую видел перед собой Петр, нужны были совсем другие органы управления.