Был свой высокий контролер и над Сенатом — генерал-прокурор и его помощник обер-прокурор. Прокуроры имелись и в других учреждениях. Они являлись настоящим «оком государевым» и подчинялись лишь царю. Если генерал-прокурор усматривал в действиях Сената нарушение или нерадивость, то мог приостановить и опротестовать их. Первым генерал-прокурором Сената стал ближайший сподвижник Петра I, бывший свинопас, а позднее денщик царя Павел Иванович Ягужинский.
Начиная с 1711 г. вместо приказов стали постепенно вводиться так называемые коллегии. К 1720 г. их стало 11. Это были высшие распорядительные учреждения со строгим и четким разделением функций. В сфере деятельности каждой коллегии власть распространялась на всю страну. Так, армией занималась Военная коллегия, флотом — Адмиралтейская, международными делами — Иностранная. Выше уже упоминались Мануфактур- и Берг-коллегии, ответственные за развитие промышленности и горно-рудного дела. Финансами ведала Камер-коллегия, контролем за сбором и расходованием средств — Ревизион-коллегия, организацией и работой судов — Юстиц-коллегия, а торговлей — Коммерц-коллегия.
Каждая коллегия состояла из президента, вице-президента, советников и асессоров (от лат. «assessor» — «заседатель»). Они работали ежедневно. За свою работу члены коллегий получали жалованье и, таким образом, становились государственными чиновниками, полностью зависящими от царя. За работой коллегий, как и других учреждений в стране, также внимательно следили фискалы.
В 1721 г. Петр I учредил высший орган по управлению церковными делами — Синод. Это закономерный шаг. После смерти патриарха Петр оставил эту должность незанятой. Он не мог простить церковникам оппозиции в деле своих преобразований. Теперь Синод, по существу, стал духовной коллегией. Её составляли церковные иерархи, назначаемые царем. Церковь окончательно была подчинена государству.
Большое внимание Петр уделил организации политического сыска. Вначале этим занимался Преображенский приказ. Позднее царь учредил Тайную канцелярию, чем-то напоминавшую приказ Тайных дел его отца. Сюда стекались все сведения царских соглядатаев и доносчиков. Здесь вершились следствие и расправа по политическим делам, в которых царь сам принимал активное участие.
И все же никакими, даже самыми жестокими мерами Петр не мог искоренить глубоко въевшиеся в жизнь России коррупцию, взяточничество, казнокрадство, использование служебного положения в личных целях. Вокруг Петра сплотились люди, воспитанные при старых приказных и воеводских порядках, когда воровали все и всё. Теперь же власть государственных деятелей и чиновников, действующих именем царя, стала буквально подавляющей. К тому же в руках государства появились огромные средства за счет прибылей, новых налогов, откупов, монополий, иностранной торговли и т. д. Можно смело сказать, что в первой четверти XVHI в. в России не воровал лишь один царь.
Генерал-прокурор Ягужинский как-то откровенно сказал царю: «Мы все воруем. Только один более и приметнее, чем другой». И это было чистейшей правдой. Крупнейшими казнокрадами и взяточниками оказались ближайшие к царю люди — светлейший князь Меншиков, адмирал Апраксин, дипломат граф Петр Андреевич Толстой, канцлер Шафиров. За казнокрадство — трату государственных средств на личные нужды был повешен сибирский губернатор князь Гагарин, за взятки предан смерти обер-фискал Нестеров, в чьи обязанности входила как раз борьба с казнокрадством и другими финансовыми нарушениями. Известный прибыльщик Курбатов разделил его участь.
Под стать этому царь выстроил и местное управление. После крупных восстаний на Дону, в Астрахани и Башкирии (об этом ниже), когда народ поднимался против насилия, угнетения, поборов, повинностей, царь в 1708–1710 гг. разделил всю страну на 8 (позднее — 11) губерний (Московскую, Петербургскую, Сибирскую и др.) — крупных территориально-административных делений, во главе которых были поставлены генерал-губернаторы (в наиболее крупных губерниях) и губернаторы. В каждой губернии стояли войска. Губернаторы обладали огромной властью — административной, полицейской, судебной, финансовой. Во главе Санкт-Петербургской губернии был поставлен любимец царя князь А. Д. Меншиков.