Справщик Федор Поликарпов объявил, что присутствовал при споре между Тверитиновым и графом Мусиным-Пушкиным: «Нача убо граф обличати Димитрия чином диалектическим и аргументами; но Димитрий отречеся, сказуя себя тоя науки несведуща, и потом отвещеваше на всякое предложение нерегулярно, но яко не ведая писания, ни силы божия, опираясь токмо на письмо нагое, яко же древле и ныне иудеи, к ним же речеся: письмо убивает, а дух живит. И от правые убо страны рать не без огня Илиины ревности яже по бозе и по восточной церкви бяше; от левые же тихотинная вода изливаше глаголы потопные, языком льстивым и ласкательным, но словесы ненавистными, обаче не сильными и чинными, по мужицкими неправильно».
Подали донос на Тверитинова теща его, купчиха, шурья, из которых один был ученик лекарских дел, другой монах Пафнутий, написавший против зятя-еретика книгу «
Вследствие этих доносов дело началось снова и тянулось долго. Стефан был обвинен в неисполнении царского указа, был вызван в Петербург, и здесь дело о Тверитинове рассматривалось в Сенате. По свидетельству одного современного известия, в первое заседание «начали говорить немирно и нечинно, но рвением и укоризнами митрополита всячески поносили с великим и бесчинным криком»: обвиняли его в злобе, гордости, клевете, укоряли за проповедь о фискалах; говорили, что он накупил на Тверитинова и товарищей его ложных свидетелей. Стефан говорил своим противникам: «Вы не тех дел судьи; вам надлежит судить тех, кого мы пришлем к вам, в гражданский суд, уже осудивши духовно». Только Апраксин и Меншиков заступались за Яворского. Говорят, что Петр, узнавши о ходе дела, писал сенаторам, чтоб «суд вели правильнее, следовало бы настоящее, им порученное дело и посторонних дел и речей не привносили, чтобы крику не было, а было бы все благочинно». 14 мая назначили произвести очные ставки между обвиненными и свидетелями. Приехал и Яворский, но сенаторы сказали ему, что ему при очных ставках быть не следует. Стефан не соглашался уехать; наконец после долгих перебранок вышел из заседания и отправил письмо к государю: «По твоему, великого государя, указу велено мне в св. четыредесятницу присутствовать в судебной избе при деле, которое зачалось с новоявленными еретиками; и я в то время хаживал беспрепятно во всю седмицу крестопоклонную, и никто же мене тогда не изгонял; а ныне, мая в 14 день, по прежнему указу пришел я в судебную избу для слушания и решения того же дела, и меня превосходительные господа сенаторы с великим моим стыдом и жалем изгнали вон, и я, плачущ исходя из палаты судебной, говорил: бойтеся бога, для чего не по правде судите? Сего же речения моего сия суть вины: а) книги, Дмитрием Тверитиновым писанные, и лист на развращение народа от него же писан и раздаван в народ, яве его показуют быти еретика. То все на суде уничижено или на какое время оставлено, и вида тому не показано, б) Велят давать очные ставки ответчикам с свидетельми, а в прошлом 205 (1697) именным царским повелением писана статья: велено во всяких делах допрашивать свидетелей и верить свидетелям трем, и двум, и одному, буде не бывало какой ссоры и вражды между ответчиком и свидетелем, а ныне на оных раскольщиков многое число священного и монашеского и мирского чина знатных персон, свидетельствуя их неистовство, письменно обличают: и тем свидетелям и явному обличению не поверено, а для чего, тому вида не показано, а надлежало против всякого свидетельства раскольщиков допрашивать, а они ни против одного не допрашиваны. в) Неции от раскольщиков винились в Преображенском, и прочих товарищей своих, и учителя своего, Дмитрия Тверитинова, выдали, а пред Сенатом всего того заперлись, и то мимо пущено и в пременных речах не разыскивано».