Нартов слышал от своих русских, мелких людей в Академии, переводчиков, студентов; приказных и мастеровых сильные жалобы на дурное обращение с ними Шумахера, на его своеволие, казнокрадство и решился выступить в поход в союзе с Делилем. Время было самое благоприятное: немцы попадали сверху, на престоле была дочь Петра Великого, знавшая хорошо Нартова как близкого человека к отцу. 2 августа 1742 года, когда двор и Сенат были в Москве, Сенатская контора в Петербурге получила от советника Академии Наук Андрея Нартова представление, что он подал в Сенат проекты «при экспедиции лабораторий механических и инструментальных наук, главной артиллерии и о прочих высочайших, государственных дел для пользы отечества и интересов ее импер. величества денежной казны поданы от него в прав. Сенат проекты и. требовал, чтоб его для исходатайствования по оным резолюции, також и для объявления в Москве ко артиллерии секретных дел отпустить и по отбытии его порученные ему дела исправлять имеющемуся при той же Академии профессору Делилю». Нартова отпустили, к чрезвычайной досаде Шумахера, который уже проведал, что Делиль и Нартов жаловались на него Сенату. Он писал Штелину в Москву: «Г. советник Нартов получил из Сенатской конторы паспорт на проезд в Москву, конечно, для подтверждения поданных Делилем пунктов и своих собственных клевет. Я не обращаю на то внимания, потому что у меня совесть чиста. Делиль уже более двух лет не имеет сношений с Академией, а теперь Сенатская контора по представлению Нартова без ведома Академии передала этому Делилю экспедицию инструментальных и лабораторных наук — так титулуется теперь инструментальная мастерская! Это позор!»
Нартов взял с собою в Москву донос на Шумахера академических служителей — комиссара Камера, канцеляриста Грекова, копииста Носова; кроме них послали донос на того же Шумахера студенты Пухорт, Шишкарев и Коврин, ученик гравера Поляков, переводчики Горлицкий и Попов. Переводчик Горлицкий писал Нартову в Москву: «Что же о нас, благодатию божиею до сего числа здравы пребываем, ожидая тщением вашим милости всещедрого бога чрез помазанницу его получить, а супостатов ходатайством пресв. богородицы и всех святых под ноги верных рабов и сынов российских покорить дай боже».
Сначала успех соответствовал ожиданиям: императрица назначила следственную комиссию над Шумахером и его сообщниками, вследствие чего Шумахер был арестован. Все академические дела поручены были Нартову, который стал заботиться о том, чтоб как-нибудь вывести Академию из ее печального положения. В марте 1743 года он жаловался в Сенат, что Штатс-контора вместо 24912 рублей выдала только 10000 рублей, отговариваясь отсутствием денег в рентерее, тогда как вся Академия и за прошлый 42 год жалованья не получила. При этом Нартов заявлял, что Академия не может пробыть более без президента и без утверждения штата, составленного еще в 1735 году и не конфирмированного; также, что Академия сама долгов своих заплатить не может. Сенат приказал отпустить всю сумму немедленно и всегда отпускать сполна в начале года. 27 июня того же года Нартов от имени Академии подал доношение в Кабинет, жаловался на долги и недостатки Академии, выставляя главною причиною их то, что в Академии два учреждения — Академия Наук и Академия Художеств и вторая истощает первую. При этом Нартов доносил, что канцелярия отрешила излишних и вопреки указам пенсионы и двойное жалованье получающих неподобных людей, т.е. танцмейстера, также беспашпортных и тому подобных служителей. Из гимназии отрешила трех немецких учителей: первый из них, Миллер, родной брат профессору Академии Миллеру, почти всегда больным сказывался; он и другой учитель, Герман, русского языка вовсе не знают и потому больше учили иноземческих детей, а русские дети почти напрасно к ним в гимназию и ходили, ибо Герман и Миллер недели по две и по три туда не являлись, но учили на дому за деньги, а вместо них один только информатор Фишер в гимназии учил, да и тот русского языка почти ничего не знает, к тому же глух и плохо видит. На место отрешенных Академия имеет русских людей, а именно Василия Тредьяковского и Ивана Горлицкого, которые в гимназии могут обучать русских детей грамматическим порядком латинскому и французскому языкам, а для немецкого языка, будет определен переводчик Гронинг, который не только в немецком, но и во французском и в русском языках очень силен. А в гимназии главное дело, чтоб русской нации дети грамматическим порядком на всех языках учились, без чего, право, писать и говорить не могут; сверх того, может над гимназиею смотрение иметь адъюнкт Ломоносов и другие. Нартов спрашивал, не угодно ли будет в Академии для каждой науки оставить по одному профессору и по одному адъюнкту; почетным членам, пребывающим в иностранных землях, пенсии не давать; художественные департаменты убавить, ибо никакого плода Российскому государству не приносят.