Могущественный советник, которого собственная университетская жизнь, как мы знаем, была также не без приключений, встретил Ломоносова не очень сурово, тем более что перед приездом он обратился к нему с почтительным письмом, считая его единственным человеком, от которого зависела его судьба. Очень приятно и выгодно было господину советнику иметь под руками даровитого и покорного русского, который по возвращении в Россию написал две оды — одну на день рождения императора Иоанна, другую — на победу при Вильманстранде, а после восшествия на престол Елисаветы перевел с немецкого торжественную оду Штелина. Приятно и полезно было иметь под руками даровитого русского человека при явно враждебных отношениях к профессорам-немцам, с одной стороны, а с другой — при поднявшихся после восшествия Елисаветы нареканиях, что в Академии проводили только немцев и придавливали русских; покровительствуя Ломоносову, можно было выставить свое усердие к русским интересам и сложить всю вину на ненавистных профессоров. Ломоносов действительно первую неприятность в Академии встретил от профессоров, которые от августа до ноября держали его две ученые работы без одобрения, оставляя его между небом и землей без места и без жалованья; несколько раз просил он конференцию об определении его адъюнктом, и все безуспешно; но когда в начале 1742 года он подал просьбу в канцелярию на высочайшее имя, то советник Шумахер определил его адъюнктом физического класса, и в программе было выставлено: «Михайла Ломоносов, адъюнкт Академии, руководство в физическую географию, чрез Крафта сочиненное, публично толковать будет, а приватно охотникам наставление давать намерен в химии и истории натуральной о рудах, также обучать в стихотворстве и штиле». Таким образом, с самого начала занятия словесностью становятся рядом с преподаванием естественных наук.
Но скоро наступило смутное время для Академии: борьба между Нартовым и Шумахером, поход против немцев. Время борьбы, раздражительно действуя на всех, особенно сильно действует на таких людей, как Ломоносов, и он пристал к Нартову, пошел в поход против немцев, забушевал. Богатырь новой России сдерживался благоговейным уважением к знанию, уважением к людям, славным в науке; если бы в это время в Академии были «Петром Великим выписанные славные люди», по выражению Ломоносова, то, конечно, он не позволил бы себе выходок против них; но «Россия лишилась великой от них чаемой пользы», они уехали, и уехали, как все говорили, от Шумахера; вместо них были люди, не имевшие авторитета в глазах Ломоносова, и он с ними не поцеремонится, тем более что они держали так долго его диссертации и не давали ему адъюнктского звания, которое он получил прямо от канцелярии. Ломоносов стал бывать шумен, по тогдашнему выражению, а в шуму он был беспокоен. В сентябре 1742 г. на него подал жалобу академический садовник Штурм: «Пришед ко мне в горницу и говорил, какие нечестивые гости у меня сидят, что епанчу его украли, на что ему ответствовал бывший у меня в гостях лекарь Брашке, что ему, Ломоносову, непотребных речей не надлежит говорить при честных людях, за что он его в голову ударил и, схватя болван, на чем парики вешают, и почал всех бить и слуге своему приказывал бить всех до смерти; и выскочив я из окон и почал караул звать; и пришед я назад, застал я гостей своих на улице битых и жену свою прибитую».
Профессора, видя в Ломоносове сообщника Нартова, объявили ему, чтобы он не присутствовал в их конференциях до окончания академического дела в комиссии. Они уже жаловались в комиссии, что Нартов не раз присылал своих сообщников, Ломоносова и других, с великою неучтивостью и шумом мешать им в их занятиях, будто бы для осматривания печатей. В мае 1743 года профессора подали в комиссию новую просьбу: «Сего 1743 года апреля 26 дня пред полуднем он, Ломоносов, напившись пьян, приходил в ту палату, где профессоры для конференций заседают и в которой в то время находился профессор Винсгейм и при нем были канцеляристы. Ломоносов, не поздравивши никого и не скинув шляпы, мимо их прошел в географический департамент, где рисуют ландкарты, а идучи около профессорского стола, ругаясь оному профессору, остановился и весьма неприличным образом обесчестил и, крайне поносный знак (кукиш) самым подлым и бесстыдным образом руками против них сделав, пошел в оный географический департамент, в котором находились адъюнкт Трескот и студенты. В том департаменте, где он шляпы также не скинул, поносил он профессора Винсгейма и всех прочих профессоров многими бранными и ругательными словами, называя их плутами и другими скверными словами, чего и писать стыдно. Сверх того, грозил он профессору Винсгейму, ругая его всякою скверною бранью, что он ему зубы поправит, а советника Шумахера называл вором. Пришел обратно в конференцию и всех профессоров бранил и ворами называл за то, что ему от профессорского собрания отказали». По словам свидетелей, Ломоносов говорил: «Что они себе воображают? Я такой же, и еще лучше их всех, я природный русский!»