Ртищеву помогал Неронов; Степан Вонифатьев действовал также с ними заодно, потому что приверженцы старины и его называют ханжою. Но был вопрос, в котором Вонифатьев и Неронов с товарищами сильно расходились со ртищевскими малороссиянами, с Епифанием Славеницким и товарищами его: этот вопрос был об исправлении книг. Ученый Епифаний видел искажения, которые вносились в книги невежественными издателями, и не молчал: приверженцы старины жаловались, что ученики киевских старцев ни во что ставят благочестивых протопопов Ивана, Степана и других. В таком натянутом положении находились дела, когда на патриаршеский престол вступил Никон. Вонифатьев и Неронов с товарищами не имели причины опасаться нового патриарха, который был очень дружен с ними, когда был игуменом, архимандритом и митрополитом новгородским, часто приезжал на дом к духовнику и по-приятельски обо всем с ним советовался; о книгах вопрос не поднимался. Никон, подобно всем исправителям, крестился двумя перстами; что же касается до введения порядка в богослужении, то Никон не отставал от московских ревнителей, если и не опережал их, будучи митрополитом новгородским. Но через год с чем-нибудь, по вступлении Никона на патриаршество, отношения переменились. По указаниям Славеницкого, греческого духовенства и по собственному исследованию Никон убедился, что книги испорчены. Но легко понять, как этим убеждением оскорблялось самолюбие исправителей, являвшихся теперь исказителями. Никон не обратил внимания на их оскорбленное самолюбие. Во дворце, в присутствии царя (в конце 1653 или самом начале 1654 года), патриарх держал собор, указал разности в печатных русских книгах с греческими и древними рукописями славянскими и предложил вопрос: «Следовать ли новым нашим печатным служебникам или греческим и нашим старым?» Большинство отвечало утвердительно на вторую часть вопроса: но прямо воспротивился этому решению коломенский епископ Павел и старые исправители с некоторыми другими духовными лицами. Вонифатьев, впрочем, уклонился и остался на прежнем месте; но Неронов с товарищами и епископ Павел сильно упорствовали и были сосланы; дело исправления было поручено Епифанию с товарищами и греческому монаху Арсению, вызванному Никоном из Соловок, куда он был сослан, как человек, получивший образование в латинских, западных училищах и принимавший временно латинство, чтоб быть допущенным в эти училища. Собор греческих архиереев в Константинополе подтвердил решение московского. В Москве думали, что древних греческих и славянских книг, находившихся в России, еще мало, и потому отправлен был монах Арсений Суханов на Афон и в другие места для приобретения греческих рукописей. Арсений, ревностный старовер, содействовал, однако, делу исправления, привезши до 500 рукописей, греческие архиереи прислали не менее 200. Приехавший в Москву антиохийский патриарх Макарий вместе с другими восточными архиереями торжественно объявил в Успенском соборе в неделю православия, что надобно креститься тремя перстами, и проклял тех, кто крестился двумя. Московский собор 1656 года подтвердил окончательно дело.