Никон отправился в Крестный монастырь. В начале 1660 года царь велел созвать духовный собор и предложил ему решить трудный вопрос. Собор открылся 17 февраля: прежде всего боярин Петр Михайлович Салтыков принес письменные сказки о том, как Никон оставил патриаршество: преосвященные приняли сказки и начали допрашивать свидетелей, священного чина людей по священству, а прочих по евангельской заповеди. В сказках крутицкого митрополита Питирима и князя Трубецкого было написано: «Патриарх Никон патриаршества своего отрекся с клятвою»; в остальных сказках о клятве не было упомянуто, но во всех говорилось согласно, что Никон от патриаршества отрекся и вперед на нем обещался не быть. Собор послал боярина Салтыкова доложить великому государю, что святейший патриарх Никон, как дознано, оставил патриаршеский престол своею волею, и как великий государь укажет? Салтыков возвратился с ответом, что государь указал собору выписать из правил св. апостол и св. отец все относящееся к подобным случаям и у выписки велел быть архиепископу Маркелу вологодскому, архиепископу Илариону рязанскому, Макарию псковскому, Чудова монастыря архимандриту Павлу, Свирского Александрова монастыря игумену Симону. 27 февраля собор слушал выписи и рассуждал: Никон не внял прошению великого государя, объявленному князем Трубецким; не внял прошению архиереев и прочего духовенства, бывшего при его отречении в Успенском соборе; не объявил причину отречения ни великому государю, ни архиереям, ни собору, не оставил никакого объяснения, объявил только, что отрекается ради своего невежества и грехов. После этого рассуждения собор определил по правилам: когда епископ отречется от епископии без благословной вины, то по прошествии шести месяцев поставлять другого епископа; кроме того, определил, что Никон должен быть чужд архиерейства, и чести, и священства. Трижды подносили государю правила, на которых основывался собор: царь медлил, наконец приказал пригласить на собор греков, бывших в Москве: Парфения, митрополита фивского, Кирилла, бывшего архиепископа андросского, Нектария, архиепископа паганиатского. Греки подтвердили приговор русских, и царь велел подкрепить этот приговор в Успенском соборе при себе и при боярах. Дело оканчивалось: решением собора уничтожались все притязания Пикона на сохранение прежнего значения, на право рукоположить нового патриарха: он терял архиерейство, терял священство! Но вот Епифаний Славеницкий, первый ученый авторитет тогда в Москве, подает протест. «Греки на соборе, – пишет он, – прочли из своей греческой книги выражение: „Безумно убо есть епископства отрещися, держати же священства“ – и сказали, что это 16 правило первого и второго собора. Я думал, что это правда, не дерзнул прекословить и дал мое согласие на низвержение Никона, бывшего патриарха; но потом я стал искать и не нашел в правилах этого речения, вследствие чего беру назад свое согласие на низвержение Никона и каюсь. Ваше царское величество приказали мне составить соборное определение: я готов это сделать относительно избрания и поставления нового патриарха, потому что это праведно, благополезно и правильно; о низвержении же Никона не дерзаю писать, потому что не нашел такого правила, которое бы низвергало архиерея, оставившего свой престол, но архиерейства не отрекшегося».