Никону доставили вопросы и ответы; с обычным своим пылом он принялся писать возражения, исписал большую тетрадь. Ему легко было опровергнуть обвинения в присвоении титула великого государя, в названии Воскресенского монастыря Новым Иерусалимом. «Какого еще другого толку ищешь ты, вопрошатель, – обращается он к Стрешневу, – когда сам свидетельствуешь, что царь назвал меня великим государем? На нем господь бог и взыщет и рассудит в день судный по его рукописным грамотам. Он же был в Воскресенском монастыре на освящении церкви, ему захотелось называть монастырь Новым Иерусалимом, и в своих грамотах написал собственною рукою на утверждение». Легко опровергает Никон и упрек относительно присоединения Коломенской епархии к патриархии: «Вы говорите, что я разорил Коломенскую епископию. Епископия эта лежит подле патриаршеской области, а земля Вятская и Великопермская отстоит больше 1500 верст, страна обширная, и людей множество, не мало там остатков языческих обычаев, а говорят, что даже сохранилось и идолопоклонство. На этом основании, по совету с великим государем, Коломна присоединена к Москве, а вместо нее учреждена епархия Вятская и Великопермская, а не для Воскресенского монастыря: еще в то время и зачатков Воскресенского монастыря не было; сколько было доходов у Коломенской епископии, столько же дано и туда из патриаршей епархии; какое число крестьянских дворов было в епископии, столько же и там дано, а коломенские деревни взяты на государя; а после государь пожаловал их в Воскресенский монастырь, будучи на освящении церковном, говоря: святая святым достойна; а не я взял или разорил». Мы видели, что в числе обвинений Никону были крутые поступки его, побои, ссылки; он отвечает на это обвинение: «И теперь не отказываемся так поступать с врагами и бесстрашными людьми по образу Христову, по правилу св. апостол и ев, отец». Но всего более рассердило Никона утверждение Стрешнева, что всесчастливый царь поручил ему надзор над судами церковными и дал много привилегий; тут Никон высказал свой взгляд на отношения царской власти к патриаршеской, – взгляд, который никак не сходился с преданиями восточной церкви, утвержденными в России историею: «Про всесчастливство царское отвечать нам не нужно, знают все счастие и несчастие царское, какую каждый благодать принял от его царского счастия; ты говоришь, что он нам поручил надзор над всякими судами церковными; это скверная хула и превосходит гордость денницы: не от царей начальство священства приемлется, но от священства на царство помазуются; явлено много раз, что священство выше царства. Какими привилегиями подарил нас царь? Привилегиею вязать и решить? Мы другого законоположника себе не знаем, кроме Христа. Не давал он нам прав, а похитил паши права, как ты свидетельствуешь, и все дела его беззаконные. Какие же его дела! Церковию обладает, священными вещами богатится и питается, славится в них, ибо митрополиты, архиепископы, священники и все причетники покоряются, работают, оброки дают, воюют, судом, пошлинами владеет. Господь бог всесильный, когда небо и землю сотворил, тогда двум светилам, солнцу и месяцу, светить повелел и чрез них показал нам власть архиерейскую и царскую: архиерейская власть сияет днем, власть эта над душами; царская в вещах мира сего, меч царский должен быть готов на неприятелей веры православной; архиерейство и все духовенство требует, чтоб их обороняли от всякой неправды и насилий, это мирские люди делать обязаны; мирские нуждаются в духовных для душевного избавления; духовные нуждаются в мирских для обороны внешней; в этом власть духовная и мирская друг друга не выше, но каждая происходит от бога». Наконец, так как Паисий объявил, что духовное лицо за порицание царя достойно низвержения, то Никон отвечает: «Досаждать царю всем запрещено, но обличать по правде не возбранено. Уже собран мног лик злопострадавших у господа обличения ради неподобных дел царских, злыми смертями и муками скончавшихся».