20 октября бояре, в присутствии царя, допрашивали старца Флавиана, в чем состоит великое дело, с которым прислал его Никон? Флавиан объявил: В Петров пост пришел в Ферапонтов монастырь из Москвы Воскресенского монастыря черный поп Палладий и сказал Никону, что был он в Москве, на Кирилловском подворье, и сказывал ему черный поп Иоиль про окольничего Федора Ртищева; говорил Ртищев Иоилю: «Сделай то, чтоб мне у великого государя быть первым боярином». Иоиль окольничему сказал: «Мне сделать этого нельзя, а есть у тебя во дворе жонка цыганка, которая умеет эти дела делать лучше меня». Ртищев отвечал: «Жонке говорить об этом нельзя, потому что она хочет за меня замуж». Но вслед за Флавием Никон прислал письмо, в котором также излагал речи Палладия, но вместо Ртищева являлся тут боярин Богдан Матвеевич Хитрово с жонкою-литовкою; в письме Никона Иоиль говорил Палладию: «Никон меня не любит, называет колдуном и чернокнижником; а за мною ничего того нет, только я умею звездочетие, то у меня гораздо твердо учено; меня и вверх государь брал, как болела царевна Анна, и я сказал, что ей не встать, что и сбылось, и мне государь указал жить в Чудове, чтоб поближе; мне и Богдан Хитрой друг и говорил мне, чтоб я государя очаровал, чтоб государь больше всех его, Богдана, любил и жаловал, и я, помня государеву милость к себе, ему отказал, и он мне сказал: Нишкни же!, и я ему молвил: „Да у тебя литовка то умеет; здесь, на Москве, нет ее сильнее“. И Богдан говорил: „Это так, да лихо запросы велики, хочет, чтоб я на ней женился, и я бы взял ее, да государь не велит“».
Призвали к допросу Иоиля: тот объявил, что приходил к Палладию лечить его, но ни об чем другом с ним не разговаривал, а у Хитрова никогда и на дворе не бывал. Призвали Палладия: тот объявил, что лечился у Иоиля, но ни о чем с ним не говаривал и в Ферапонтове Никону ни о чем не сказывал: «Вольно старцу Никону меня поклепать, он затевать умеет. В то время как я жил в Ферапонтове монастыре, приезжал стряпчий Иван Образцов и привез Никону государева жалованья 500 рублей, да старцам, которые с ним, 200 рублей; Никон им этих денег не дал: я об этом с старцами поговорил, и Никон, узнавши, велел меня из Ферапонтова выбить дубьем». Иоиля обыскали и нашли книги: одна книга латинская; одна по-латыни и по-польски; книга печатная счету звездарского, печатана в Вильне и 1586 году: книга письменная с марта месяца во весь год лунам и дням, и планитам и рождениям человеческим в месяцах и в звездах: тетрадь письменная о пускании крови жильной и рожечной: записка, кого Иоиль излечил, и те люди приписывали руками своими.
В ноябре отправился в Ферапонтов стрелецкий голова Лутоxин: он должен был рассказать Никону все дело, как найдена разница между его письмом и изветом Флавиана: в одном Хитров, в другом Ртищев, и объявить, что Иоиль не винится. Лугохин должен был также спросить Никона: в келию воду сам он носит и дрова рубит своею ли волею или поневоле? Никон отвечал: «Я приказывал Флавиану известить о Хитрове, а не о Ртищеве, да и не пристало про Федора Михайловича тому быть, потому что он человек женатый; Флавиан ослышался. Я не задержал Палладия и не отправил к государю потому, что надеялся вскоре сам государевы очи видеть: сказывал мне Наумов, что меня великий государь пожалует, велит взять в Москву скоро, выманил у меня Наумов великому государю и его дому благословение и прощение тем, что государь меня пожалует, велит из Ферапонтова освободить и все мои монастыри отдать. Терпел я после того договора год два месяца в заточении и никаких клятвенных слов не говорил; вперед еще мало потерплю, а если по договору ко мне государской милости не будет, то я по-прежнему ничего государева принимать не стану и перед богом стану плакать и говорить те же слова, что прежде говорил с клятвою».