В то время как западная сторона переменила гетмана, на восточной по-прежнему продолжалась борьба между искателями гетманства, борьба, ведшаяся доносами в Москву. Самко бил челом, чтоб государь отставил его от старшинства, потому что нежинский полковник его слушаться не хочет и наносы на него наносит; жаловался, что в Малороссии трое гетманов, кроме него еще Золотаренко и Брюховецкий: последний самовольно прислал своих козаков в города и в полках берет стации; Самко просил уволить его от гетманства и дать оборонную грамоту, чтоб на него и на имение его наступать не смели и никаких обид не делали. Самко жаловался и на князя Ромодановского, просил, чтоб на его место был прислан другой боярин, потому что Ромодановский, не слушая его советов, тратит войско, слушается только Мефодия и Золотаренка, генеральной рады не собирает, отчего смута и своевольство, ибо он, Самко, как гетман несовершенный, распоряжаться не может. «Мефодий и Васюта, – продолжает Самко, – отговариваются от рады отсутствием запорожцев: но у нас всегда, по стародавным правам, гетманов выбирали в городах без запорожцев, потому что Войско Запорожское одно, выходящие из Запорожья должны по своим полкам расходиться. Теперь орда нас заперла и множество людей побила; а на Преображеньев день под самыми Лубнами татары, напавши на табор нежинский, многих побили, сам полковник, табор оставя, наперед ушел в Лубны. Все это приключилось оттого, что епископ и Васюта отвели князя Ромодановского от совета с нами, в поле, в безхлебие вывели; неопытные в делах войсковых, епископ и Васюта были виновниками потери славы и людей. А я, вашего царского величества верный слуга, хотя и уничижен ими, загоны все из-за Днепра вывел и в Переяславль пришел в целости. Умоляю, милосердый государь, вели князю Ромодановскому или кому-нибудь другому собрать полки козацкие, чтоб больше, как бедные овцы без пастыря, не ходили и не гинули, но при своих вольностях стояли бы за веру православную, а теперь и сами не знаем, за что погибаем?» Относительно Юрия Хмельницкого Самко извещал, что он посылал к нему каневского полковника Лизогуба уговаривать покориться государю; но Хмельницкий велел расстрелять посланного в Чигирине и с ним вместе многих других каневцев, черкасцев, корсунцев, которые начали было радеть государю. За это Самко велел порубить 10 человек пленных поляков, «потому что мы, – писал он в Москву, – никакого добра от ляхов не ищем». Потом Хмельницкий дал знать Самку, что слагает с себя гетманство и идет в монахи.
Самко жаловался на Мефодия за то, что епископ этот вместе с Золотаренком советовали Ромодановскому медлить созванием рады; а Мефодий писал царю, что Самко не поехал на раду сам и другим запретил; полковники нежинский и черниговский отговорились дальностью пути и тревожным состоянием страны; иные полковники, боясь Самка и глядя на Золотаренка, не поехали. Брюховецкий писал, что Самко – изменник, потому что хулит московские серебряные копейки, велел спалить суда, которыми царь пожаловал Войско низовое, Кодак уступил татарам, Кременчук, сговорись с Хмельницким, сжег; верных государю людей отослал к Хмельницкому, который, по его письмам, переказнил их. А тут еще церковная усобица: митрополит Дионисий Балабан послал к константинопольскому патриарху с жалобою, что Мефодий изгнал его и силою похитил митрополичий престол посредством мирской власти. По просьбам Балабана и Хмельницкого патриарх выдал на Мефодия проклятие, которое Балабан переслал в Киев, отчего здесь произошло сильное волнение между духовными и мирскими людьми. Мефодий просил царя ходатайствовать у патриарха о снятии проклятия.