Наконец судьба искателей гетманства решилась. 18 июня была знаменитая черная, или генеральная, рада, о которой так много толковали и переписывались. Не дали еще Гагину дочитать царского указа о гетманском избрании, как с одной стороны раздались крики: «Брюховецкого!», а с другой: «Самка!», но за криками следовала драка: запорожцы Брюховецкого кинулись на приверженцев Самка; бунчук наказного гетмана был сломан, он сам едва мог выдраться из толпы и скрыться в шатер царского воеводы; несколько человек было убито; победители запорожцы столкнули Гагина с его места и выкрикнули своего кошевого гетманом. Гагин, однако, не дал Брюховецкому утверждения от имени царского: Самко объявил ему, что гетманство Брюховецкого, приобретенное насилием, не есть законное, что ни он, ни Войско не признает его гетманом и что необходимо собрать новую раду. Рада была созвана, но Самко не получил от нее никакой выгоды, потому что приверженцы его перешли на сторону Брюховецкого, провозгласили его гетманом и стали грабить возы своей старшины; единственною причиною такого отступничества малороссийский летописец полагает непостоянство своих соотечественников. После этого нового избрания, против которого нельзя было ничего сказать, Гагин дал булаву Брюховецкому. Запорожцы праздновали свое торжество трехдневным убийством: гибли неприязненные Брюховецкому полковники, и их место заступали запорожцы. Новый гетман отправил в Москву благодарственное посольство и вместе с Мефодием по-прежнему твердил об измене Самка и Золотаренка; обвиненные отданы были на войсковой суд, по древнему обычаю казацкому; судьями были враги-победители, которые и приговорили побежденных к смертной казни; приговор был исполнен в Борзне 18 сентября в присутствии обозного Ивана Цесарского, киевского полковника Василия Дворецкого и прилуцкого Данилы Песоцкого. Вместе с Самком и Золотаренком казнены были: Афанасий Щуровский, Аникий Силич (полковник черниговский), Степан Шамрицкий, Павел Киндей, Ананка Семенов, Кирилл Ширяй. Десять человек: Семен Третьяк, Матьяш Панкеев, Дмитрий Черняевский, Самойла Савицкий, Михайла Вуяхеев, Фома Тризнич, Иван Воробей, Семен и Прокофий Кулженские, Левка Бут, лубенского Мгарского монастыря игумен Виктор были отвезены в оковах в Москву; отвезли их те же Цесарский и Дворецкий. Украйна волновалась. В Чернигове все начальные люди радели полякам, купцы и чернь тянули к Москве. Черниговский епископ Лазарь Баранович хвалился, что он удержал Новгород-Северский за Москвою. В Киеве воевода Чаадаев успел приобрести всеобщую любовь, но волновалось войско по причине медных денег: двадцать медных денег платили за одну серебряную.
Таким образом и прекращение распри между искателями гетманства не обещало продолжительного спокойствия в Малороссии; а между тем Польша оправилась, войско получило жалованье, Мы уже упоминали, что в Белоруссии и Литве война продолжалась очень неудачно для Москвы. Осенью 1661 года Хованский вместе с Ординым-Нащокиным потерпел новое поражение при Кушликах от литовского войска, бывшего под начальством Жеромского; из 20000 русских не более тысячи спаслось в Полоцк вместе с Хованским и раненым Нащокиным; Литва хвалилась, что потеряла только человек около 40 убитыми и взяла множество пленных, в том числе сына Хованского; девять пушек, знамена, образ богородицы, бывший с Нащокиным при Валиесаре и которым так дорожили и царь и воевода, достались победителям.