На другой день, 23 февраля, боярин виделся с архиепископом в Софийском монастыре, и Мефодий стал просить извинения за вчерашние речи: «Я эти слова говорил поневоле, потому что я поставлен московским митрополитом, и вот малороссийских городов духовные люди все говорят и поносят мне и думают, что я сделал это по совету с гетманом, чтоб им быть под благословением московского патриарха». Мефодий прислал к Шереметеву и ответную грамоту гетманскую, в которой Брюховецкий писал: «Когда мы были в Москве, то нам припоминали статьи Богдана Хмельницкого, чтоб митрополит киевский поставлялся патриархом московским, и мы все, бывшие в Москве, руки свои на том приложили, и государь отправил послов к святейшим патриархам; мы будем дожидаться возвращения этих послов». В марте 1666 года послом от Мефодия и всего духовенства приехал в Москву киевского Кириллова монастыря игумен Мелетий Дзик бить челом о позволении избрать митрополита по старине, да чтоб на выборе был гетман и киевский воевода Шереметев. Царь отвечал, что послано об этом к константинопольскому патриарху и чтоб Мефодий ехал в Москву для исправления всяких духовных дел.
Между тем Шереметев писал в Москву и о поведении нового боярина: «Теперь епископ, архимандрит печерский и всех малороссийских монастырей архимандриты и игумены и приходские попы с мещанами в большом совете и соединении, а с гетманом, полковниками и козаками совету у них мало за то, что гетман во всех городах многие монастырские маетности, также и мещанские мельницы отнимает; да он же, гетман, со всех малороссийских городов, которыми великому государю челом ударил, с мещан берет хлеб и стацию большую грабежом, а с иных за правежом. Шереметев посылал спрашивать у гетмана, по его ли приказанию стацию со всех городов берут? Брюховецкий отвечал, что без его ведома, и тотчас же во все малороссийские города послал грамоты с большим подкреплением, чтоб нигде на него стации не сбирали, а давали бы стацию в казну государеву».
Боярин и гетман Иван Мартынович извещал с своей стороны, что незадолго перед его приездом в Малороссию чуть было не сделалась беда в Переяславле: тамошний житель Петрушка Скок Челюсткин, состарившийся в Переяславле русский человек, составил заговор перебить всех московских ратных людей. Но наказный гетман Ермоленко узнал о заговоре и донес Брюховецкому, который велел сковать Челюсткина и отослать в Москву. Появились своевольные сборища, которые отказались повиноваться полковникам и сотникам, покинули свои дома и начали бродить по разным городкам и деревням и бедным людям досады чинить; начальники таких сборищ были известные нам Иван Донец и Децик. Гетман успел разогнать эти сборища. Касательно новых распоряжений, договоренных в Москве о сдаче малороссийских городов царским воеводам, Брюховецкий писал: «Я, верный холоп, рад вседушно тому указу исполнение чинить; но боюсь одного, чтоб полковники, вся старшина и козаки не встревожились и не взяли дурного замысла. Сам же я вседушно рад воеводам, потому что при них мне будет меньше хлопот, а то теперь на все стороны оглядываюсь». Брюховецкий писал также, что епископ, духовенство и киевский полковник Дворецкий просят о заведении новых латинских школ в Киеве, но что он, гетман, полагает это на волю великого государя. Доносил, что сын епископа Мефодия женился на дубичевке, у которой два родных брата служат при короле. Писал о дурных вестях из Запорожья: дает знать оттуда Григорий Касогов, что запорожцы хотят государю изменить, к бусурманам и к изменникам-черкасам приклониться; но он, гетман, послал уговаривать их; спрашивал, посылать ли в Запорожье хлебные запасы или нет?
С ответами на эти донесения и для обстоятельного разузнания дел в марте 1666 года отправился в Малороссию дьяк Фролов. Посланный должен был похвалить боярина и гетмана за его раденье и отвечать на статью о школах в Киеве: если им против их вольностей будет не в оскорбление, то школ бы теперь не заводить; если же этот запрет оскорбит их, как противный их вольностям, то великий государь пожаловал, велел им в Киеве школы заводить и людей в них набрать из киевских жителей, а из неприятельских и других городов в школы никого не пускать и не учить, чтоб от них смуты и всякого дурна не было. Фролов должен был также сказать: какие люди сидят у гетмана за караулом в своих винах, тех бы он судил и карал по войсковым правам; а если из них кому-нибудь по войсковым правам будет свобода, а он боится от них вперед чего-нибудь дурного, таких присылать в Москву. Хлебные запасы в Запорожье, Киев и другие города посылать как прежде уговорено, пока описчики города опишут и по описи воеводы примут.