С 25 сентября начались у Нащокина съезды с польскими комиссарами: Яном Гнинским, воеводою хелминским, Николаем Тихановецким, воеводою Мстиславским, Павлом Бростовским, писарем литовским. Нащокин объявил, что для утверждения вечного мира надобно быть посредникам; комиссары говорили, чтобы мириться без посредников, а если дело не сладится, тогда искать способу через посредников. Потом начали говорить, как бы украинские народы успокоить и от турского подданства отвратить? Нащокин говорил, что это дело надобно решить прежде всего и для успокоения Украйны надобно быть посольским съездам под Киевом или призвать выборных из Украйны в Андрусово. «Нет, – возражали комиссары, – надобно прежде заключить вечный мир». «Вечный мир, – отвечал Нащокин, – может быть заключен только на условиях Андрусовского перемирия». «А зачем Киев не отдан в положенный срок?» – спрашивали комиссары. «Затем, – отвечали им, – что вы прислали для его занятия полковника Пиво с немногими людьми; но разве можно было сдать им такую крепость? Это было все равно что сдать ее бусурманам». «Отчего, – спрашивали опять комиссары, – отчего по союзному договору царские войска не соединялись с нашими между Днепром и Днестром?» «Потому, – был ответ, – что не допустили до этого соединения татары и Дорошенко, перешедши на путивльскую сторону, где Дорошенко захватил многие города и теперь держит; королевским войскам следовало помогать нашим на путивльской стороне». «Не могли тогда наши войска помогать, – отвечали комиссары, – потому что в прошедшую войну мы изнурились. Надобно это пустить на волю божию». «Надобно писать в Украйну для ее успокоения», – начал опять Нащокин. «Как писать?» – спросили послы. «Писать с обеих сторон к духовным и мирским людям, пусть они или пришлют выборных на нынешние съезды, или какого другого утверждения потребуют». 19 октября письма были отправлены. После этого комиссары опять начали толковать о Киеве. «Нельзя было вам отдать Киев, – отвечал Нащокин, – смута была тогда в Украйне». Комиссары стали говорить о вечном мире с возвращением всего приобретенного по Андрусовскому перемирию. «Об этом нечего говорить, – отвечал Нащокин, – Смоленск и строен с нашей стороны, и останется за нами вечно». В этих переговорах протянулось два месяца с лишком. На девятом съезде, 29 ноября, комиссары объявили, что им велено подтвердить договор о соединении войск, договор о вечном мире был отложен, но комиссары упорно стояли, чтобы назначен был срок сдачи Киева. Это упорство затянуло переговоры до 7 марта 1670 года, когда поляки перестали наконец толковать о Киеве. Постановили, чтобы первый Андрусовский договор сохранился во всех статьях, запятых и точках, равно и постановление о союзе против бусурман.
Подробности о дальнейшей судьбе Нащокина нам неизвестны. В январе 1671 года по случаю свадьбы царской боярин Афанасий Лаврентьевич Ордин-Нащокин упоминается в числе бояр, бывших за великим государем, а в феврале начальником Посольского приказа уже является любимец царский Артамон Сергеевич Матвеев; Нащокин сходит с служебного поприща и постригается под именем Антония в Крыпецком монастыре, в 12 верстах от Пскова. В Дворцовых разрядах сохранилось следующее известие: «Того ж году (1671) в Польшу великие послы: боярин Афанасий Лаврентьевич Ордин-Нащокин да думный дворянин Ив. Ив. Чаадаев. И Афанасий Нащокин отставлен, а на его место указал государь быть окольничему Вас. Сем. Волынскому». Очень может быть, что вследствие этого назначения Нащокин подал такие докладные статьи, на которые не хотели согласиться, а он иначе не согласился ехать, и это несогласие повело к окончательному удалению Нащокина от дел.
В то время как Посольский приказ переменял своего начальника, сношения с Польшею получали все больше и больше важности по поводу дел турецких.
В августе 1670 года приехал в Москву королевский посланник Иероним Комар. Он требовал, чтобы царь велел двинуться войскам своим в Украйну против турок и татар, постоянно грозящих Польше, требовал, чтобы немедленно дана была помощь Белой Церкви, угрожаемой Дорошенком, который разорвал переговоры с польскими комиссарами в Остроге. Ему отвечали: «Если царские войска явятся на Украйну, то это только раздражит козаков, особенно Дорошенко, которого это не успокоит, напротив, в движении царских и королевских войск он увидит явное намерение изгубить украинские народы и станет призывать к себе на оборону турецкие войска. Царские войска стоят в Белгородском и Севском полках и оберегают Украйну. Обоим великим государям шатостных козаков лучше привесть в послушание милостию, а не жесточью».