Из этой любопытной привилегии мы всего яснее можем видеть господствующий взгляд времени на науку, на училище. Необходимость науки, училища сознана, сознана в интересах церкви; училище свободных наук устраивается для поддержки православия, которое не находит для себя этой поддержки на Востоке. Но здесь надобно поступать с величайшею осторожностию, ибо наука., училище, учителя вместо поддержки православию могут нанести ему удар, надобно, следовательно, набрать учителей испытанного православия, и за учителями обращаются к вселенским патриархам, главным блюстителям православия. Но этого мало: православие окружено опасностями, люди, враждебные ему, люди римской, лютерской и кальвинской веры беспрестанно являются в Москву, их много в службе великого государя, прелестники будут действовать против православия, не разбирая средств, православию нужно бороться с ними неусыпно, и главным орудием для этой борьбы будет академия. Она уполномочена следить за всеми движениями врагов и бить всполох при первой опасности. Московская академия по проекту царя Феодора – это цитадель, которую хотела устроить для себя православная церковь при необходимом столкновении своем с иноверным Западом; это не училище только, это страшный инквизиционный трибунал: произнесут блюстители с учителями слова: «Виновен в неправославии» – и костер запылает для преступника. И при царе Феодоре, как после при брате его Петре, наука призывалась с практическою целию: разница в том, что при Феодоре она призывалась преимущественно на служение церкви, а при Петре – на служение государству.
И проект финансового преобразования, и проект отделения гражданских должностей от военных, и проект академии остались только проектами; 11 июля 1681 года у Феодора родился сын, царевич Илья; но всемирная радость, по тогдашнему выражению, была непродолжительна: царица Агафия умерла родами (14 июля). Польский автор не раз уже приводимого описания московской смуты 1682 года очень лестно отзывается о покойной царице, говорит, что она, будучи польского происхождения, много добра принесла царству Московскому, уговорив мужа снять позорные женские охабни, которые должны были носить ратные люди, бежавшие с поля сражения; по ее влиянию начали в Москве волосы стричь, бороды брить, сабли и кунтуши польские носить, школы польские и латинские закладывать, велено вынести из церквей образа, которые каждый прихожанин приносил и считал своими, перед ними исключительно молился и зажигал свечи, а другим не позволял. Эти поступки, продолжает автор, хвалили люди, принадлежавшие к партии царя Феодора, напротив порицали приверженцы Матвеева, говоря, что царь скоро введет ляцкую веру и, женясь на польке, будет так же вести себя, как Дмитрий Самозванец, женившись на Марине Мнишек.
Царевич Илья через шесть дней последовал за матерью в могилу. Начали думать о втором браке. Конечно, не без влияния Языкова царь женился на свойственнице его, Марфе Матвеевне Апраксиной, девушке незнатного происхождения (14 февраля 1682 года), но через два месяца с половиною после этого брака, 27 апреля, Феодор скончался на двадцать первом году от рождения.