Совет был немедленно исполнен; в первую минуту после страшной вести самым естественным движением было схватиться за оружие и стать в оборонительное положение: стрельцы заняли Кремль, разобрали с пушечного двора пушки, порох, свинец, расставили всюду караулы и сели в осаде, не впуская и не выпуская никого из Москвы. Кричали, что надобно идти против бояр; толпились в Крестовой у патриарха, который уговаривал их не своевольничать; грозили убить его, если он заодно с боярами, но все ограничивалось одними угрозами и криками: страх был господствующим чувством; страх напал и на бутырских солдат, участвовавших в прежних стрелецких волнениях. 20 сентября в Марьиной роще пропали два солдата с лошадьми: этого было достаточно, чтоб Бутырки переполошились; в страхе и сомнении солдаты взяли себе с Пушечного двора четыре пушки. Вечером 24 сентября является на Бутырки крестьянин Воронин и рассказывает, что по Троицкой дороге идут боярские люди, конные и пешие, с ружьем и пушками, видимо-невидимо, идут на дворцовое село Тайнинское и хотят быть в Бутырской слободе 25 сентября в ночь: солдаты, в ужасе, отпустили жен и детей своих в Москву к родственникам. Между тем еще 18 числа узнали в Воздвиженском о стрелецких волнениях и приняли меры: в ближайшие города поскакали придворные с грамотами, чтоб служилые люди спешили к Троицкому монастырю в полном вооружении; вслед за тем двор выехал в Троицкий монастырь, который был приведен в осадное положение, главное начальство было поручено человеку, верному правительнице князю Вас. Вас. Голицыну. 19-го числа приехал к Троице чудовский архимандрит Адриан с известием от патриарха: надворная пехота приходила к нему с челобитьем, чтоб великие государи изволили идти в царствующий град Москву, а у них, надворной пехоты, никакого дурного умыслу нет. Государи отвечали с нарочным, чтоб стрельцы служили, по своему обещанию, верно, от смятения перестали, всполохов и страхования в Москве не делали что Хованские казнены за измену – стрельцам до этого дела нет суд о милости и о казни вручен от бога великим государям, стрельцам об этом не только говорить – и мыслить не довелось; царской опалы и никакого гнева на них, стрельцов, не было; так пусть будут на милость великих государей надежны, и которым из них велено идти на службу в Киев, пусть идут немедленно и тем службу свою покажут; а какие у них есть дела, то они бы прислали об них челобитчиков – выборных людей.
Скорое прибытие с разных сторон служилых людей к Троице большими толпами дало возможность правительнице действовать решительнее: для управления Москвою отправлен был боярин Михайла Петрович Головин, который своими распоряжениями показал стрельцам, что их теперь не боятся; это, вместе с известиями о сборе служилых людей к Троице, нагнало еще больше страха на надворную пехоту; стрельцы плакали, как дети, и 22 числа явились к Головину с челобитьем, чтоб великие государи велели им быть у себя для челобитья, по скольку человек из полку – укажут а без указа идти не смеют. Указ пришел немедленно: быть по 20 человек из полку. 24 числа стрельцы пришли бить челом к патриарху, чтоб отпустил с их выборными к Троице архиерея, одни идти боятся, переказнят их там. Патриарх отпустил с ними суздальского митрополита Илариона, но и это не совершенно их успокоило: некоторые так перетрусились, что бежали с дороги назад в Москву. Остальные 24 сентября были представлены Софье, которая встретила их строгим выговором за их поведение, указывая на многочисленное войско, собравшееся для их наказания. Стрельцы подали ей письменную сказку: «Деды, отцы, дядья и братья наши и мы государям служили и ныне служим и работаем всякие их государские службы безызменно и впредь работать безо всякой шатости рады; услышим от кого-нибудь из нас или от иных чинов людей злоумышленные слова на государское величество, на бояр, думных и ближних людей, таких будем хватать и держать до указу, как будут государи в Москву из похода; а у нас никакого злоумышления нет и вперед не будет; ратная казна, которую мы взяли, пушки, порох и свинец теперь в полках в целости; полки, которым велено идти в Киев на службу, готовы».