Сибирь, где было такое раздолье воеводам и всяким сильным людям вдали от правительственного надзора, обратила на себя особенное внимание, потому что тамошние беспорядки вредно действовали на казну, получавшую такой большой доход от сибирских товаров. В апреле 1695 года для Сибири, кроме ближайшего Тобольска, сделано было исключение: не велено переменять воевод через два года «для того, что от таких частых перемен казне начали быть великие недоборы и всяким доходам оскудение, потому что воеводы, забыв крестное целование и презря жестокие указы, вино и всякие товары в Сибирь привозят и сверх того в Сибири вино курят и там вином многую корысть себе чинят; а на кружечных дворах государева вина в продажу записывают малое число, в год инде по 20 и по 10, а инде написано в продаже всего одно ведро, а в иной год ни одного ведра продать не дали». Отправлявшиеся в Сибирь воеводы имели право провозить беспошлинно с собою известное количество вина и других товаров: каждые два года воеводы отправлялись в сибирские города, каждые два года везли с собою все эти запасы, брали казенные струга, прогонные деньги, требовали по ямам и городам подводы, причем, по обычаю, всякого чина людям чинили многие обиды, налоги и разорения; чем, следовательно, реже ездили воеводы, тем лучше. Далее говорится в указе, что воеводы для сбора ясачной казны отпускали служилых людей и брали с них себе великие взятки и посулы: лучшие соболи выбирали себе, а худые отдавали в государеву казну, себе в малые годы великие богатства наживали, а служилым и ясачным людям впредь не проча, великие обиды, налоги и грабежи чинили и для челобитья к Москве их не пропускали: оттого многие служилые люди по зимовьям побиты, а другие от воеводских притеснений изменили и в Китайское государство отъехали, и мунгалы-изменники, мстя за обиды свои, многих служилых и ясачных людей грабят и побивают. В конце того же года опять указ Сибирскому приказу: «Прежние воеводы воровали, многих людей пытали и смертию казнили, и ясачные сборщики у ясачных людей и у иноземцев жен и детей отнимали силою, и по их иноземскому челобитью суда и управы у воевод не было; так, впредь воеводам, кроме дел, подлежащих по уложению пытке, никаких русских людей и ясачных иноземцев ни в каких делах, не описався с великим государем, не пытать и не казнить; для ясачного сбора посылать людей добрых,
Истощая все средства против злоупотреблений, какие позволяли себе чиновники в Сибири, царь в октябре 1697 года издал указ, запрещавший в Сибири служилым и всяких чинов людям женам и детям их носить богатое платье, «чего им по чину своем; носить не довелось; и знатно, что те служилые люди, у которых та кое излишнее дорогое платье есть, делают его не от правого своего пожитку, кражею нашея великого государя казны или с иноземцев грабежом те богатства себе наживают; а буде у кого, каким промыслом правым, нажиток лишний сверх его нужных расходов явится, и те пожитки ему довелось держать на покупку доброго себе ружья и панцырей и платья нужного, чтоб к нашей службе был всегда готов и к боям с неприятелями потребен или держал в домовое каменное себе прочное строение, в котором бы пожиток его от случая пожарного был всегда в целости».
Дети боярские сибирского митрополита, посылаемые им в десятильниках по делам, подлежащим суду церковному, поступали не лучше, если не хуже, служилых людей, посылаемых воеводами. Это видно из царской грамоты воеводе Глебову 1697 года: «Десятильники градским и уездным людям нападками своими ложными многое чинят разорение и обиды и налоги, побоями заставляют поневоле девиц и вдов говорить ложно на градских и уездных всяких добрых людей блудное воровство, и по тем ложным наговорам с тех людей берут себе взятки великие, а иных девиц раздевают донага и груди давят до крови и всякое ругательство чинят; а которые девицы и вдовы и при таком мучительстве не винятся, тех они продают таким людям, за которых никто бы дочери своей не дал, а деньги берут себе».
Установление бурмистров, как видно из указа 1699 года, не могло быть приложено к Сибири: «В сибирских городах бурмистрам не быть, а быть по-прежнему у всяких сборов из русских и из сибирских городов таможенным и кабацким головам и целовальникам добрым людям и над ними надзирать воеводам со всяким крайним радением; а бурмистрам не быть для того, что в сибирских некоторых городах посадских людей нет, а в которых есть, и те людишки худые, скудные и ссыльные, и затем в бурмистры выбрать некого; а в которых городах торговые люди есть, и тем в сборе денежной казны ясачной и ни в каких сборах верить некому, для того, что они люди скудные».