Софье нельзя было долго оставаться в спокойном ожидании, что начнут у Троицы. Она не могла не понимать, как выгодно было положение Петра в борьбе; она сама прежде, в распре с Хованским, указала эту дорогу к Троице как самую удобную. 13 числа отправлен был к Петру боярин князь Иван Борисович Троекуров; 15-го он возвратился и привез не очень любезный ответ, а на другой день явилась в Москве грамота от царя Петра в солдатские и стрелецкие полки, чтоб начальные люди и по 10 человек рядовых из каждого полка были у Троицы к 18 числу Софья, посоветовавшись с ближними людьми, велела позвать к себе начальных людей из каждого полка, держала к ним сильную речь и настрого запретила, чтоб не смели ходить к Троице и вмешиваться в распрю ее с братом, и когда стрелецкие полковники обнаружили свое недоумение, то Софья сказала им, что если кто-нибудь из них пойдет к Троице, то будет пойман и потеряет голову.
Надобно было спешить окончанием дела, и в тот же день дядька царя Ивана князь Петр Иванович Прозоровский вместе с духовником Петра были отправлены к Троице с извинением, что никак нельзя было исполнить требование царя и прислать к нему требуемое войско; в то же время Прозоровский и духовник должны были употребить все средства к примирению Петра с сестрой, и для успокоения стрельцов и солдат в Москве был распущен слух, что царская грамота была прислана без ведома Петра, умышленном князя Бориса Голицына. 18 числа возвратились Прозоровский и духовник ни с чем. Схватились за соло мину, решились послать патриарха, о котором Софья сама прежде говорила: «Посягает он на меня; чем бы ему уговаривать, а он сам посягает». Иоаким был рад вырваться из Москвы, из рук врагов своих, уехал к Троице и там остался: Петр приобрел важного союзника. Прошло несколько дней в ожиданиях; 27 августа новая царская грамота от Троицы в стрелецкие полки, в гостиную сотню, в дворцовые слободы и черные сотни, чтоб все полковники и начальные люди с 10 рядовыми из каждого полка, а из сотен и слобод старосты с 10 тяглецами явились немедленно к Троице, а кто не явится, тому быть в смертной казни. Толпы стрельцов, повинуясь указу, двинулись из Москвы. У Троицы сам царь вышел к ним перед дворец с матерью и патриархом и объявил об умысле Шакловитого. Дьяк прочел выписку из расспросных речей и стрелецких изветов, патриарх стал увещевать, чтоб пришедшие стрельцы объявили всю правду, что знают, грозя в случае несправедливого показания архиерейским неблагословением. Стрельцы завопили, что они Федькина злого умысла не знают, великим государям служат и работают, как служили и работали их предкам, рады ловить воров и изменников и во всем исполнять волю государскую. Но некоторые порассказали кой-что.
Софья решилась ехать сама к Троице. В том самом селе Воздвиженском, где семь лет тому назад она велела казнить Хованского, встретил ее стольник Бутурлин и от имени великого государя объявил, чтоб она в монастырь не ходила. «Непременно пойду», – отвечала Софья; но за Бутурлиным явился боярин князь Троекуров с объявлением, что если она пойдет, то с нею нечестно поступлено будет; отряд вооруженных людей уже показался в Воздвиженском.