Давши такой ответ, мятежники пошли дальше и во второй половине февраля стояли уже в 30 верстах от Казани; в Казанском уезде между Камою и Волгою и за Камою русские и вотяцкие села и деревни почти все были разорены, люди побиты или взяты в плен. Отряд под начальством Осипа Бартенева выступил из Казани по Арской дороге и прогнал воров в Уфимский уезд; с другой стороны, станичный атаман Невежин стал успешно действовать из Сергиевска (где сера из воды бежит); лучшие башкирские батыри не могли взять Билярска и были поражены наголову Невежиным, у которого было 200 русских да сотня чуваш. 22 февраля Хованский выступил с полками из Казани. Воры тотчас оробели и начали пересылаться с ним. Кудрявцев говорил Хованскому, чтоб воровских обманов не слушал и учинил им военный страх. «Не учи меня!» – отвечал боярин и вступил в переговоры. Мятежникам было объявлено прощение, только заводчик бунта, хан, был казнен. Но оставались уфимские башкирцы. Не имея возможности при шведской войне послать значительные русские отряды на отдаленный восток, Петр позволил собираться вольнице, которая бы из добычи истребляла воровские жилища огнем и мечом. Кроме того, он хотел усмирить варваров с помощию других варваров. В январе 1708 года стольник Иван Бахметев получил приказ ехать в калмыцкие улусы к тайше Аюке и уговорить его выслать 20 000 калмыков против башкирцев. Аюка дал 20 000 калмыков Бахметеву, но 22 мая прислали к нему из Казани начальные люди грамоту, что воры донские козаки Игнашка Некрасов и Лунка Хохлач вошли в Камышенку и идут к Саратову: чтоб он, Аюка, послал своих калмыков на этих воров к Саратову. Аюка в присутствии Бахметева сказал присланному из Казани: «По указу великого государя я отдал всех своих людей вот ему, Бахметеву, на башкирцев, у меня останется немного людей, которые мне нужны на караулы и разъезды». Согласились разделить калмыков на два отряда: 10000 отправить под Саратов против воровских Козаков, а другие десять тысяч с Бахметевым на башкирцев. 13 июня явился в войско к Бахметеву калмык, который был на Яике, и рассказал, что при нем на Яик приехали три башкирца и говорили, что их, башкирцев, в собрании много, имеют согласие с каракалпаками, киргизами, донскими козаками и кубанцами: положено у них всех друг друга не выдавать. Услыхавши такие вести, Бахметев поспешно пошел вперед, чтоб не допустить башкирцев до воровского соединения, перешел реку Ик, вступил в жилища самих воровских заводчиков, крепкие и лесистые места, побил их на многих боях и загонах, жилища выжег, много побрал полону, лошадей, скота, захвачен был сын главного заводчика – муллы Измаила. Сначала башкирцы положили было не мириться: «Миром нас русские люди обманут», но теперь, увидавши свое бессилие, усмирились: мулла Измаил и батыри приехали к Бахметеву с просьбою, чтоб по указу великого государя вины им отдать, и казали грамоту князя Хованского, в которой говорилось о прощении: «А если мы теперь с калмыцким и русским войском бились, то виноваты и куран целовать станем». Мулла целовал куран за все четыре дороги, что башкирцы изменять впредь не будут и полон весь отдадут.
Несмотря на то, волнения все еще продолжались. Петр Матвеевич Апраксин, назначенный губернатором в Казань, писал в феврале 1709 года: «О башкирцах доношу: уже три года до меня и ныне стоят в злодейственном своем упорстве и воровстве, и ныне по призыву от них знатного вора приехал к ним из каракалпак некакой вор, будто ханов сын, тому, что у нас казнен, дядя или брат. Посланные мною к башкирцам пишут, что многие обещаются стоять верно, а иные злодействуют». Апраксин прислал при этом ведомость, чего восточной украйне стоил башкирский бунт: всего в Казанском и Уфимском уездах пожжено и разорено было сел и деревень 303; людей погибло и в плен отведено 12705 человек. В марте Апраксин писал: «О тех башкирах доношу тебе, государю: народ их проклятый, многочисленный и военный, да безглавный, никаких над собою начал, хотя б так, как на Дону, подобно атаману – и таких не имеют, приняться не за кого и чтоб особно послать не к кому». Наконец в апреле Апраксин донес: «Башкирцы лучшие люди Кусюм с товарищи прислали выборных людей, вины свои принесли и обещались служить и дани давать по-прежнему».