Прошло два года; дело приходило к окончанию, но не так оно оканчивалось, как бы хотелось Курбатову. В марте 1721 года он написал царю: «Весть бог, что я пред вашим величеством ничто же лукавное по совести моей пред богом учинил и ничего тайно и умышленно казны вашея не похитил, а работал вам, государю единому, всем сердцем и душею, о чем не неизвестно вашему величеству. А ныне в канцеляриях, по немилости господ судей, штрафуюся так тяжко, якобы совершенно виновный, и положили на меня штрафов и других денег с 20000 рублев, в том числе по делу Шустовых, о котором известно вашему величеству и за которое я пожалован, и по делу в корабельном строении, за что я всемилостивейше был обнадежен, и выданное мне в московской ратуше и в губернии жалованье правят и сего единого произыскивают, что хотя малое какое мне присмотреть погрешение, и не токмо к великому штрафу, но и к самому бедству склоняют, а верных моих работ не только не упоминают, но и ни во что вменяют и к выписке оправданий моих вписывать не велят, а которое оправдание было и вписано и подписано моею рукою, и то вычеркивают и доношений моих к оправданию не приемлют. Умилися, государь, не допусти меня погубить им напрасно, повели все о мне дела из их канцелярий для собственного вашего рассмотрения собрать в Кабинет или в Коммерц-коллегию. А ежели я по вашему богоподобному рассмотрению явлюся виновен тяжко, то уже не прошу милости, от всего мя повели обнажить имения и пустить нага, точию за прежде показанную мною государственную пользу и верность молю соблюсти живот мой, понеже и так от печали в болезни моей чаю умереть вскоре. О всемилостивейший государь! изволь ведать, как погибают, на вас, единого, уповающии, как я, бедный, всю мою надежду и упование имел на вас, государя единого, не имея посторонних дядек, и того ради ныне погибаю напрасно. А ежели я ныне погибну напрасно, не без сожаления потом будет о мне вашего, государева, понеже я, бедный, при помощи божией не бесплоден явился в государствии вашем».
Вскоре после этого письма, летом 1721 года, Курбатов умер до решения своего дела. Суд в канцелярии генерал-майора Матюшкина по приговору штаб – и обер-офицеров решил, что надобно взыскать с Курбатова 16000 с лишком рублей. Большая часть этой суммы, именно с лишком 12000 рублей, причиталась за взятые им из казны без указу деньги; остальное – за передаточное без торгу подрядчикам из-за взяток; взяток оказалось на 1085 рублей, при этом 15 дел не было решено за справками по разным губерниям.