В новой приморской столице учреждена была Морская академия, директором которой был сделан француз барон С. Илер, под главным начальством графа Матвеева. Между ними скоро произошло столкновение: в сентябре 1716 года Матвеев писал Макарову: «В академии здесь все идет порядочно: кадеты в науках прилежно преуспевают, а солдатской экзерциции так хорошо обучались, как бы старые; только, присматриваясь к действиям господина барона (С. Илера), нахожу, что деньги, которые ему отпущены в большом числе, все равно что в окно выкинуты. Если бы не было у меня английских профессоров, то бы некому было освидетельствовать кадетов; науки не оканчиваются, потому что барон в них не сведущ; регламенты, им поданные, не были его практики, а переписаны с печатных правил французской морской академии, а он выдал их за новость». С. Илер, вероятно, узнавши мнение Матвеева о себе, подал графу Апраксину письменное доношение, в котором Матвеев назывался невеждою. Тогда Матвеев написал Апраксину в декабре 1716 года: «Срамно всем слышать, что С. Илер напрасно похитил назвище генерального директора, который должен отличаться совершенным знанием своего дела и иметь бесстрастный надзор над всеми профессорами, не только что над навигаторами и кадетами. Но он, С. Илер, во время годового пребывания своего в академии ни одного кадета в дальнейшую науку не произвел и успехов в самой меньшой науке свидетельствовать не может, не только не превосходит профессоров, но и навигаторской науки не знает; если бы не случилось английских профессоров, то нельзя было бы и в десять лет ни одного кадета из науки в науку произвесть». Навигатор Угримов подал прямо царю челобитную, что С. Илер бил его по щекам и палкою при всей школе. Апраксин в генваре 1717 года написал царю: «Как я здесь мог усмотреть, между господ правителей академии, графа Матвеева и барона Сенталера, происходит немалая противность, и друг на друга подают письменные доношения, в тех их спорах в академии не без помешательства; и ежели не изволит ваше величество их развести, то академия в лучшее состояние никогда придти не может, и ежели из них поручить сие правление которому одному, а другого отпустить, то я бы надеялся, что будет лучше, а по моему мнению, лучше б поручить графу Матвееву, чтоб вам можно было на одном взыскивать, однако ж сего без воли вашего величества учинить не смею».
Между тем С. Илер струсил, особенно после беседы с страшным Данилычем, которому до всего было дело и который, как все русские, начиная с царя, пользовался искусством иностранцев, но при каждом удобном случае любил делать им сильные внушения, чтоб они не забывались и не важничали. С. Илер почел нужным помириться с Матвеевым и вот что писал ему 1 марта 1717 года: «Узнал я, что его царское величество известен о споре между вашим сиятельством и мною. Я прихожу к вам всепокорно просить, чтоб оную прекратить. Я хочу ваше сиятельство гораздо обнадежить, что я забываю все озлобления, мне учиненные, потому что по вашим наговорам пресветлейший князь Меншиков грозил меня палками бить, чтобы, по его словам, выучить французский народ, как жить; вашему сиятельству известно, что таких потчеваний не чинят шляхтичу в нашей Европе. Ваше сиятельство может быть обнадежено, что я буду иметь всегда к вам весь респект и все почитание, должное вашему характеру». Но обнадеживания опоздали: Петр, по письму Апраксина, велел поручить академию одному Матвееву.