В тот же день был обнародован царский манифест, в котором, изложив меры, принятые для приличного воспитания Алексея и описав недостойное поведение последнего и бегство, Петр говорил: «Наши посланные употребляли все способы уговорить его к возвращению, как обнадеживаниями, так и угрозами, что мы его вооруженною рукою будем отыскивать и что цесарь из-за него с нами войны вести не захочет. Но он на все это не посмотрел и не захотел к нам ехать до тех пор, пока, видя его упорство, цесарский вицерой цесарским именем ему представил, чтоб он ехал, ибо цесарь ни по какому праву его удерживать не может и при нынешней с турками и испанцами войне с нами за него в ссору вступать не может. Тогда, опасаясь, чтоб нам не выдали его и против воли, согласился к нам ехать. И хотя он, сын наш, за такие противные поступки, особенно за это перед всем светом нанесенное нам бесчестие чрез побег свой и клеветы, на нас рассеянные, как злоречащий отца своего и сопротивляющийся государю своему, достоин был смерти, однако мы, соболезнуя о нем отеческим сердцем, прощаем его и от всякого наказания освобождаем. Однако в рассуждении его недостоинства не можем по совести своей оставить его после себя наследником престола российского, зная, что он своими непорядочными поступками всю полученную по божией милости и нашими неусыпными трудами славу народа нашего и пользу государственную утратит, которую с таким трудом мы получили и не только отторгнутые от государства нашего провинции возвратили, но и вновь многие знатные города и земли получили, также и народ свой во многих воинских и гражданских науках к пользе государственной и славе обучили – то всем известно. Итак, сожалея о государстве своем и верных подданных, дабы от такого властителя в худшее прежнего состояние не были приведены, мы властию отеческою, по которой по правам государства нашего и каждый подданный наш сына своего волен лишить наследства и другому сыну передать, и, как самодержавный государь, для пользы государственной лишаем сына своего Алексея за те вины и преступления наследства после нас престола нашего всероссийского, хотя б ни единой персоны нашей фамилии по нас не осталось. И определяем и объявляем по нас престола наследником другого сына нашего, Петра, хотя еще и малолетнего, ибо иного возрастного наследника не имеем, и заклинаем сына нашего Алексея родительскою клятвою, дабы того наследства ни в какое время себе не претендовал и не искал. Желаем же от всех верных наших подданных духовного и мирского чина и всего народа всероссийского, дабы по сему нашему изволению и определению от нас назначенного в наследство сына нашего Петра за законного наследника признавали и почитали и обещанием пред св. алтарем, над св. евангелием и целованием креста утвердили. Всех же тех, кто сему нашему изволению в которое-нибудь время противны будут и сына нашего Алексея отныне за наследника почитать и ему в том вспомогать станут и дерзнут, изменниками нам и отечеству объявляем».
На другой день, 4 февраля, царевичу были предложены письменные пункты о сообщниках: «Понеже вчерась прощение получил на том, дабы все обстоятельства донести своего побегу и прочего тому подобного; а ежели что утаено будет, то лишен будешь живота; на что о некоторых причинах сказал ты словесно, но лучше очистить письменно по пунктам. Все, что к сему делу касается, хотя что здесь и не написано, то объяви и очисти себя, как на сущей исповеди; а ежели что укроешь и потом явно будет, на меня не пеняй: понеже вчерась пред всем народом объявлено, что за сие пардон не в пардон».
Царевич показал о Кикине, Вяземском, Дубровском, царевне Марье Алексеевне, князе Василии Владимировиче Долгоруком, Афанасьеве, показал не все; показал, что в Неаполе секретарь Кейль принудил его написать в Россию письмо сенаторам и архиереям. «Есть известия, – говорил Кейль, – что вы умерли, по другим известиям, вы пойманы и сосланы в Сибирь, поэтому дайте знать о себе в Россию, а не напишете, то мы не станем вас держать». Царевич написал в Сенат и двоим архиереям, Ростовскому и Крутицкому, в таком смысле: «Думаю, вас и всех удивил мой безвестный отъезд, к которому меня принудило великое озлобление и непорядок, особенно когда в начале прошлого года едва меня не постригли в монахи; но бог дал случай мне уехать, и теперь нахожусь под охраною некоторого великого государя (который обещал меня не оставить и в нужный час помочь), пока господь не повелит возвратиться, при котором случае прошу, не забудьте меня. Если услышите от людей, желающих изгладить обо мне память, что меня в живых нет или случилось со мною какое-нибудь другое несчастие, то не извольте верить».