Полезные почины относительно русской истории и географии делал другой академик, Мюллер. Так как Мюллер пробыл около десяти лет в Сибири на двойном жалованье, то, по мнению академической канцелярии, нельзя было потерять это иждивение, и она заключила с Мюллером новый контракт, по которому он обязался: 1) быть при Академии наук профессором в университете и для сочинения генеральной российской истории; к тому же определяется историографом, причем обещает высокий ее императорского величества интерес и Академии честь и пользу всячески наблюдать. 2) Начатые свои дела, на которые уже столько иждивения употреблено, а именно «Сибирскую Историю», в которой бы иметь достоверное описание положения всей Сибири географического, веры, языков всех тамошних народов и древностей сибирских, и таким образом вместе с профессором Фишером производить, чтоб всякий год издать можно было по одной книжке путешествия его. 3) Когда окончится «Сибирская История», тогда он, Мюллер, употреблен будет к сочинению истории всей Российской империи в департаменте, который ему от Академии показан будет, по плану, который им самим сочинен в то время быть имеет и в канцелярии апробован. 4) Понеже он, Мюллер, oт лекций уволен, то вместо того отправлять ему ректорскую должность при университете. Исторические труды Мюллера рассматривались в особом историческом собрании, состоявшем из нескольких академиков. В одном месте «Сибирской Истории» было сказано, что Ермак позволял своим козакам разбойничать. Ломоносов и другие члены исторического собрания заметили, что «о сем деле должно писать осторожнее и помянутому Ермаку в рассуждении завоевания Сибири разбойничества не приписывать». Мюллер отвечал, что это обстоятельство не подлежит никакому сомнению, изменить его нельзя и потому лучше совсем выпустить.
Если историк обязывался осторожностью относительно Ермака, то мы не удивимся запросу, полученному Мюллером от президента Академии, сам ли собою он сочинял найденные в его делах родословные или по чьему-нибудь приказу или прошению; а потом Теплов объявил ему именем Разумовского, чтоб он таких родословных впредь не сочинял, а трудился бы в одних настоящих своих должностях. Мюллер отвечал, что составлял родословные таблицы по должности историка, потому что история и генеалогия так между собою связаны, что одна без другой быть не может. Но отмены приказания не сочинять родословных не последовало, и Мюллер показывал, что больше не сочиняет. Мюллер написал предисловие к своей истории, или к «Описанию Сибирского царства»; Шумахер настаивал, что предисловие не нужно, ибо клонится больше к распространению суетной славы автора; Мюллер просил позволения поместить при своем труде две летописи в виде приложения; Шумахер замечал, что Мюллер и то без нужды наполнил свою книгу жалованными грамотами, из чего видно, что хотел только увеличить свою историю и время продлить. Академическая канцелярия объявила Мюллеру, что «хотя, по рассуждению вашему, и потребны доказательства к вашей „Сибирской Истории“, однако находится при достопамятных вещах немалое число в оной же летописи лжебасней, чудес и церковных вещей, которые никакого иноверства не только не достойны, но и противны регламенту академическому, в котором именно запрещается академикам и профессорам мешаться никаким образом в дела, касающиеся до закона. А хотя же бы что и до закона не касалося, то не рассуждается за пристойно печатать пустые сказки и лжи, которые никакого основания не имеют; тем больше с здравым рассуждением не сходно такую книгу напечатать вместо доказательства под именем будто бы только древности и старого сложения, ибо ложь не касается до склада, но до самого дела. И по определению главной канцелярии Академии наук велено показанную летопись для объявленных и основательных резонов печатанием оставить до того времени, когда оная и другие ей подобные особливо осмотрены будут и
Таким образом, первый том «Описания Сибирского царства и всех происшедших в нем дел» явился в 1750 году без мюллеровского предисловия, в котором, между прочим, говорилось, как полезно для читателей, когда они встречают в книге много выписок из древних актов на древнем языке, напоминающих о таких словах и выражениях чисто русских, которые утратились и заменены словами иностранными. «Должно, – говорит Мюллер, – обыкновению времен несколько уступать, когда старинными словами и складами гнушаются; но сие обыкновение не надлежит всегда почитать за узаконение и не должно отвергать всего старинного только для того, что оно старинное, а новое принимать для того, что новое».