1444 год был тяжек для Новгорода: с одной стороны напали немцы, с другой стороны тверичи неизвестно по какому поводу опустошили много пограничных волостей новгородских; тогда великий князь литовский Казимир прислал сказать новгородцам: «Возьмите моих наместников на Городище, и я вас обороню, я для вас не заключил мира с великим князем московским». Новгородцы не приняли этого предложения, не было им обороны ни от Литвы, ни от Москвы против князя тверского, который опять взял у них 50 волостей вместе с Торжком. Плен великого князя Василия у татар придал тверскому князю еще больше смелости: он прислал своих людей и воевод на Торжок, разогнал, ограбил остальных его жителей, иных погубил, на других взял окуп, свез в Тверь 40 возов товару московского, новгородского и торжокского, из них несколько потонуло в реке. Притесняемые Тверью, новгородцы по крайней мере могли надеяться спокойствия со стороны Москвы, где опять начались усобицы; Шемяка восторжествовал над Василием, но был слаб и потому прислал поклонщиков в Новгород и заключил с ним мир на всех старинах. Шемяка недолго княжил в Москве; в новой войне его с Василием новгородцы, по словам их летописца, не вступились ни за одного и тем самым уже возбуждали неудовольствие победителя; еще более раздражали они его тем, что, по обычаю, приняли к себе Шемяку. Митрополит Иона и тут вступился в дело; несколько раз писал он к новгородскому архиепископу Евфимию и к новгородцам, чтоб они поберегли себя душевного ради устроения и тишины. Новгородцы с своей стороны присылали к митрополиту с просьбою, чтоб бил челом за них великому князю и дал для их послов опасные грамоты. Опасные грамоты были даны с тем, чтобы новгородцы отправили в Москву своих послов, людей больших, по своим делам, а чтоб Шемяка прислал своего посла с чистым покаянием бить челом своему господину и старшему брату, великому князю, и жалованья у него просить. Новгородцы прислали своих послов, людей великих, но прислали ни с чем; Шемяка прислал также своего боярина, но с такими условиями, на которые в Москве никак не хотели согласиться. Митрополит жаловался на это новгородскому владыке, зачем Шемяка посылает свои грамоты с великою высостию, о своем преступлении и о своей вине ни одного слова пригодного не приказывает. Между тем новгородцы продолжали держать Шемяку, и владыка в письмах к митрополиту оправдывал их старинным обычаем, по которому каждый князь, приехавший к св. Софии, принимался с честию, указывал, что и сам митрополит называет Шемяку сыном. Иона отвечал на это: «Прочти хорошенько все мои грамоты, какие только я к тебе писал, и вразумись, мог ли я называть сыном того князя, с которым не велю детям твоим, новгородцам, ни пить, ни есть, потому что он сам себя от христианства отлучил. Ты сам видел грамоту, которую он написал на себя, и после сколько зла наделал, сколько крови христианской пролил? После того можно ли князя Дмитрия называть сыном церкви божией и нашего смирения? Я тебе писал и теперь пишу, что я и вместе со мною все владыки и все священство Русской земли считаем князя Дмитрия неблагословенным и отлученным от божией церкви. Ты пишешь, что прежде русские князья приезжали в дом св. Софии, в Великий Новгород, и новгородцы честь им воздавали по силе, а прежние митрополиты таких грамот с тягостию не посылывали; но скажи мне, сын, какие это прежние князья приезжали к вам, сделавши такое зло над своим старшим братом и оставя у вас княгиню свою, детей и весь кош, ходили от вас в великое княжение христианство губить и кровь проливать? Как прежде не бывало в нашей земле братоубийства и к вам с таким лихом ни один князь не приезжал, так и прежние митрополиты в Великий Новгород таких грамот с тягостию не посылывали».