Годунов дал знать Елисавете в своей грамоте, что государь "для тебя, сестры своей, и для нашего печалования твоих подданных пожаловал больше прежнего. А я об них вперед буду государю своему печаловаться и держать их под своею рукою, буду славить перед государем и государынею твои к себе милость и ласку". Благодаря кровному, любительному приятельству Елисаветы к Годунову английские купцы освободились от платежа пошлин, простиравшихся более чем на 2000 фунтов стерлингов в год. Но доходили жалобы других иностранных купцов, что англичане не пропускают кораблей их к Московскому государству. Вследствие этих жалоб царь писал Елисавете: "Бьют нам челом многие немцы разных земель, англичане (не из компании), французы, нидерландцы и других земель на твоих гостей, что они кораблей их к нашему государству пропускать не хотят. Мы этому и верить не хотим; а если так делается в самом деле, то это твоих гостей правда ли, что за наше великое жалованье иноземцев отгоняют? Божию дорогу, океан-море как можно перенять, унять и затворить?" С другой стороны, министры Елисаветины прислали на имя Годунова и Щелкалова грамоту, в которой прописаны были жалобы английских купцов на московских приказных людей. Щелкалов отвечал один: "К такому великому человеку (Годунову) писали вы многие непригожие слова, поверя непрямым людям, ворам. Пишете в своей грамоте с укоризною к такому честному и великому человеку, к шурину государскому, будто вашим торговым людям и жить нельзя, потому что им от приказных людей жесточь великая, и торговать перестать хотят, и если торговать перестанут, то будет бесчестно государю нашему и его приказным людям. За такие слова боярин Годунов сам в своей грамоте писать к вам не захотел, словам вашим очень подивился и приказал мне вам отписать".
Сношения возобновились по делу англичанина Антона Мерша, который набрал в долг денег у Годунова, бояр, служилых людей, у купцов, монахов и объявил, что эти деньги на общий расход, в общие товары; но товарищи его отказались платить долги, объявили, что Мерш брал деньги без их ведома, на себя. Годунов в 1588 году велел известному уже нам Бекману отвезти этого Мерша в Англию. Королева не скоро приняла Бекмана: "Я долго не пускала тебя до своих очей, - сказала она ему, - потому что была нездорова, очень грустила о смерти своего дворецкого (графа Лейстера); да великая досада была у меня на тебя за то, что ты в речах своему государю применил наш потешный сад к капустному огороду, где сеют лук да чеснок; за такое дело ты достоин был пени, но мы тебе не мстили". Бекман отвечал: "Бью челом вашему величеству, вели безопально выговорить". Елисавета позволила, и Бекман стал говорить: "Я этого не думал, не только что не говорил, в чем бог свидетель; если в царской грамоте об этом написано, или кто сможет на имя довести, то я у вашего величества милости не прошу, хочу за мою вину терпеть наказанье; нанес на меня это лихой человек, который хотел моей доброй славе поруху учинить, и я надеюсь, что тот камень упадет на его голову". Елисавета отвечала, что она об этом деле забудет. Мерш, позванный к допросу, объявил, что он заплатил деньги, взятые им из царской казны; в частных долгах - в одних винился, в других запирался и сказал, что его собственных денег задержано в Москве 15000 рублей. Когда лорд казначей сказал об этом показании Бекману, тот отвечал, что надобно верить царской грамоте, а не бездельным речам Мерша. "Это правда, - возразил казначей, - но зачем было Мершу давать такие деньги? Он был гость небольшой, скорей был простой слуга у гостей, а большие гости кабал не подписывали". Бекман отвечал: "Мерш был на гостином дворе, покупал, продавал, деньги занимал и сам в долг давал, не как слуга, а как большой гость, на котором все положено; сверх того, он умеет по-русски читать и писать, и ваши большие гости не объявили, что ему не верить".