Дворцовый приказ, или приказ Большого дворца, управлявший царскими вотчинами, находился при Феодоре в заведовании дворецкого Григория Васильевича Годунова, отличавшегося бережливостию: при Иоанне IV продажа излишка податей, доставляемых натурою, приносила Приказу не более 60000 рублей ежегодно, а при Феодоре - до 230000; Иоанн жил роскошнее и более по-царски, чем сын его. Четверти собирали тягла и подати с остальных земель до 400000 рублей в год: область Псковская доставляла 18000 рублей, Новгородская - 35000; Торжокская и Тверская - 8000; Рязанская - 30000; Муромская - 12000; Холмогорская и Двинская - 8000; Вологодская - 12000; Казанская - 18000; Устюжская - 30000; Ростовская - 50000; Московская - 40000; Костромская - 12000; Сибирь - 20000. Пошлины торговые, судные и другие и остатки сумм из разных приказов, шедшие в приказ Большого прихода, доставляли ежегодно 800000 рублей; с Москвы торговых пошлин сходило 12000 рублей, Смоленска - 8000, Пскова - 12000, Новгорода - 6000, Старой Русы - 18000 (от солеварения), Торжка - 800, Твери - 700, Ярославля 1200, Костромы - 1800, Нижнего Новгорода - 7000, Казани - 11000, Вологды 2000. Таким образом, ежегодно поступало в казну чистого дохода до 1430000 рублей. Торговые пошлины собирались целовальниками и отдавались на откуп из наддачи; в грамотах, которые давались откупщикам, говорилось: "Отказать ему пошлину до сроку за два месяца, а не откажет до сроку за два месяца и станет отказывать на срок, то вперед брать откуп на откупщике и на его поручниках, а наддача вдвое". Срок откупа назначался год. По грамоте, данной двинским таможенным целовальником в 1588 году, ведено брать с судна, какое бы оно ни было, судовой подъемной грузовой пошлины с 1000 пуд по два рубля и по две гривны; со ста пуд - по семи алтын и по две деньги; с того же судна посаженного брать по десяти алтын и головщины по деньге с головы; с людей брать побережное по 22 алтына с ладьи. Кто приедет в санях или верхом, или пешком придет, с того брать явку. Тут же упоминается пошлина свальная: с 1000 пуд - по полтине, с воза - по две деньги и проч.; подъемная пошлина - с подъему по две деньги, "а поднимать в весу товар под оба конца", кто же станет продавать в развес меньше пуда, с тех подъема не брать; рукознобная пошлина: с пудом ходить и товар всякий весчий у гостей весить, пошлину рукознобную брать с купца и продавца с подъема по деньге, да с припуску по деньге. Целовальники доносили, что у них многие люди пошлин не платят: так, не платят их английские гости, не платят суда Троицкого, Кириллова и других монастырей; суда Федора Кобелева большой иногородней пошлины не платят, а платят только туземную, двинскую, на том основании, что у Кобелева есть на Двине промыслы и угодья; на том же основании не платят пошлин суда Данилы Строганова и Данилы Бренкова. Царь отвечал, чтоб пошлину брали с русских людей со всех без исключения, с двинян - двинскую, а с иногородцев - иногородную, также и с иноземцев, кроме англичан, которые имеют жалованную грамоту. В 1592 году торговые пошлины в селах Чаранде и Коротком были пожалованы боярину Дмитрию Ивановичу Годунову.
В 1588 году староста и рыболовы переяславской рыболовской слободы били челом, что берут с них во дворец оброки и пошлины за посошной корм, с рыбных ловель, за закорных щук, с рек, пошлины дворецкого и дьячьи, ключничьи, ямские деньги, сенные деньги, присудные деньги, всего до 50 рублей, и от того у них рыболовская слободка пустеет. Царь с царицею пожаловали, не велели два года брать с них ямских и присудных денег. В 1590 году были освобождены от торговых пошлин и земских повинностей жители Кольской волости, также волостей Керети и Ковды по случаю разорения их шведами. В 1591 г. крестьяне Глотовой слободки били челом, что вычегжане, вымичи и сысоличи самовольством велят им всякие подати платить с собою вместе, сбавя с себя; а у них в Глотовой слободке живут все молодшие люди, кормятся пиктою да зверем, а хлеба не пашут и не торгуют ничем, а на Вычегде и на Сысоле живут прожиточные, торговые люди, торгуют всякими товарами и хлеб пашут. Государь пожаловал, велел крестьянам Глотовой слободки привозить подати в Москву самим по-прежнему, а с вымичами, сысоличами и вычегжанами ни в какие подати им не тянуть.