В Верхотурском уезде заведены были казенные соляные варницы; но промышленность эта не могла идти успешно по причине недостатка в людях. Своего хлеба в новопостроенных сибирских городах недоставало, надобно было присылать хлебные припасы туда из Европейской России; самый удобный способ доставки был по рекам, но для этого нужны были суда, и вот для постройки судов велено было выслать в Сибирь плотников с Перми, Вятки, Выми, Сольвычегодска, Устюга человек 80 и больше; эти плотники устраивались пашнею в удобных для судостроения местах; судовые снасти отправлялись из Ярославля и Вологды. Надобно бы озаботиться и о дорогах сухопутных; проведена была дорога между Соликамском и Верхотурьем; прокладывали ее посошные люди под надзором вожа и целовальников; вож воровал, приказывал дороги чистить узко, мосты мостить худые, целовальники на него жаловались; жаловались воеводы и служилые люди, ездившие в Сибирь, что по этой новой дороге хлебных запасов и сибирской казны провозить будет нельзя и служилым людям ездить по ней будет с большою нуждою; царь велел послать целовальников и посошных людей чистить дорогу сызнова, чтобы на ней заломов и пней не было. Годунов заботился и о туземцах: в 1598 году он писал, чтобы не брать у тюменских татар подвод для гонцов, не взыскивать ясака с татар и остяков бедных, старых, больных и увечных; заботился о примирении выгод туземцев и русских переселенцев, писал верхотурскому воеводе, чтоб он вогуличам с верхотурскими торговыми людьми сенные покосы, рыбные и звериные ловли и всякие угодья поделил, как доведется, чтобы вогуличам нужды не было и верхотурским торговым людям чтобы также нужды не было. Крещеных дикарей велено было записывать в стрельцы; церкви в новопостроенных городах были снабжаемы книгами.
Так распоряжался Борис в странах новоприобретенных и новонаселенных. Теперь взглянем на его распоряжения в старых областях Московского государства. В 1599 году патриарх объявил, что грамота, данная Грозным митрополиту Афанасию, ветха, и потому Борис возобновил ее на свое имя: в этой грамоте подтверждено, что духовенство патриарших монастырей и все люди, служащие патриарху и живущие на его землях и землях его монастырей, подлежат только его патриаршему суду, исключая душегубство; кроме того, крестьяне патриаршие и его монастырей освобождены от разных повинностей.