В оставленной русскими войсками и обезлюдевшей Москве орудовали мародеры из «Великой армии» и обыкновенные грабители. Французское командование сначала не придало значения начавшимся в разных местах пожарам. Но в сухую и теплую погоду огонь быстро распространялся. И вот уже сплошь загорелись Арбат и Замоскворечье, вспыхнули деревянные дома на Моховой. Огонь охватил торговые ряды Китай-города. В огромные костры превратились баржи с сеном на Москве-реке.
Огненное кольцо сжималось вокруг Кремля, где остановился Наполеон. Поздно вечером император со свитой выехал из Кремля и по горящей Тверской перебрался в Петровский загородный дворец.
Кутузов пил чай и беседовал с крестьянами, когда ему сообщили о пожаре. Помолчав, он сказал: «Жалко это, правда, но подождите, я ему голову проломаю».
Москва горела шесть дней. Пожар уничтожил три четверти городских построек и провиантские склады. Французская армия сразу оказалась на грани голода.
Русская армия расположилась у села Тарутина, в 80 км от Москвы, прикрывая тульские оружейные заводы и плодородные южные губернии. Подтягивались резервы, залечивались раны. Обосновавшийся в Москве Наполеон полагал, что кампания окончена, и ждал предложений о мире. Но никто не слал к нему послов. Гордому завоевателю пришлось самому обращаться с запросами к Кутузову и Александру I. Кутузов отвечал уклончиво, ссылаясь на отсутствие полномочий. Однако возглавляемая им армия была решительно против переговоров о мире. А при дворе шла закулисная борьба. Вдовствующая императрица Мария Федоровна, брат царя Константин и царский любимец Аракчеев возглавили придворную клику, требовавшую мира с Наполеоном. К ним присоединился канцлер Н.П. Румянцев. Между армией и двором возникли напряженные отношения, и генералы довели до сведения царя свое пожелание об отставке Румянцева. Александр посчитал такой поступок величайшей дерзостью, но подавил свой гнев. Румянцев остался на посту канцлера. Но вступать в переговоры с Наполеоном царь отказался.
Положение наполеоновской армии быстро ухудшалось. Оторвавшись от своих тыловых баз, она существовала за счет изъятия продуктов у местного населения. Повсюду бесчинствовали фуражиры и мародеры. Подмосковные крестьяне, как прежде смоленские, уходили в леса. На смоленской земле и в Подмосковье развернулось партизанское движение. Отрядами партизан руководили солдаты, бежавшие из французского плена, местные помещики, особо авторитетные крестьяне. Так под командованием крепостного крестьянина Герасима Курина в Подмосковье сражалось свыше 5 тыс. пеших и 500 конных крестьян. В Смоленской губернии широкую известность получила старостиха Василиса Кожина, возглавлявшая отряд из подростков и женщин. Партизаны выслеживали и уничтожали отдельные небольшие группы наполеоновских солдат.
Кутузов, быстро оценивший значение партизанской войны, стал засылать в тыл неприятеля кавалерийские отряды. Пользуясь поддержкой населения, они наносили чувствительные удары по врагу. Одним из первых пошел в партизаны поэт и гусар Денис Васильевич Давыдов (1784—1839). Подполковник А.С. Фигнер проник в оккупированную Москву и слал донесения в штаб Кутузова. Затем он организовал партизанский отряд. Смелые рейды по тылам противника совершал отряд А.Н. Сеславина. Отряд И.С. Дорохова, взаимодействуя с крестьянскими повстанцами, в конце сентября освободил г. Верею. В октябре отряды Давыдова, Фигнера, Сеславина и В.В. Орлова-Давыдова, действуя совместно, окружили и взяли в плен 2 тыс. французов. За месяц пребывания в Москве французская армия потеряла около 30 тыс. человек.
Приближались холода, и Наполеон понял, что зимовать на московских пепелищах было бы безумием. В начале октября у села Тарутина произошло сражение между французским авангардом и частями русской армии. Французы отступили с большими потерями. Будто бы для того, чтобы «наказать» русских, Наполеон 7 октября вывел свою армию из Москвы. Передовые части двух армий встретились у Малоярославца. Пока город переходил из рук в руки, подошли главные силы. Перед Наполеоном встал вопрос: давать ли генеральное сражение, чтобы прорваться на Калужскую дорогу, или отступать по Смоленской, где его ожидали разграбленные села и озлобленное население. На этот раз непобедимый Наполеон решил не искушать судьбу и дал приказ отступать на Смоленск.