Высшим законодательным органом, как и раньше, оставался Государственный совет, наделенный законосовещательными правами. Он состоял из лиц, назначенных царем, и министров. В большинстве своем это были известные царедворцы и сановники, многие из которых были в весьма преклонных летах, что позволяло фрондирующей публике в салонах именовать их не иначе как «госсоветовские старцы». Законодательной инициативы Государственный совет не имел; его компетенция состояла лишь в том, чтобы обсуждать законопроекты, вносимые по инициативе монарха и при его согласии и разработанные в соответствующих министерствах. В некоторых случаях, когда тот или иной вопрос затрагивал интересы нескольких ведомств, учреждались по монаршей воле специальные межведомственные комиссии, заключения которых рассматривались отдельными департаментами, а затем обсуждались в общем заседании Государственного совета. Решения этого бюрократического синклита передавались императору, который мог поддержать мнение и большинства и меньшинства (если при голосовании обнаруживались различные точки зрения). Проект приобретал силу закона лишь после утверждения императором, вступал в действие после опубликования и обратной силы не имел.
Главным органом административной власти являлся Комитет министров, и его возглавлял председатель, функции которого были весьма ограничены. В состав Комитета министров входили не только министры, но и главы департаментов и государственных управлений. На рассмотрение Комитета выносились дела, требовавшие одобрения разных министров. Комитет министров не был единым органом, координирующим деятельность отдельных ведомств. Это было собрание административно независимых друг от друга сановников. Каждый министр имел правопрямого доклада императору и руководствовался его указаниями и распоряжениями.
К началу царствования Николая II действовало 15 министерств и равнозначных им государственных установлений: иностранных дел, военное, морское, внутренних дел, юстиции, финансов, земледелия и Государственных имуществ, путей сообщения, народного просвещения, Министерство Императорского двора, Главное управление Государственного коннозаводства, Государственный контроль, Собственная Его Величества Канцелярия, Собственная Его Величества Канцелярия по учреждениям императрицы Марии, Собственная Его Величества Канцелярия по принятию прошений на Высочайшее имя. Министр назначался исключительно монархом, имел от одного до трех заместителей («товарищей») и особый совет министра.
Наиболее обширную компетенцию имели два министерства: внутренних дел и финансов. Первое занималось поддержанием внутреннего порядка в империи, осуществляло цензуру, ведало общей статистикой, почтой и телеграфом, сословными учреждениями и земским самоуправлением, ветеринарным и медицинским делом, народным продовольствием и общественным призрением, делами исповеданий (кроме православного). В ведении Министерства финансов находились дела финансов, торговли и промышленности, прямые и косвенные налоги, таможенные сборы, винная монополия, вся кредитная часть, торговое мореплавание, железнодорожная тарифная политика.
Император считался главой суда и судебного управления, а весь суд осуществлялся от его имени. На конкретное судопроизводство компетенция монарха фактически не распространялась; ему принадлежала роль высшего и последнего арбитра. Свой надзор за судом и администрацией самодержец осуществлял через Правительствующий Сенат, наблюдавший за тем, чтобы распоряжения верховной власти надлежащим образом исполнялись на местах и разрешавшего жалобы на действия и распоряжения всех властей и лиц до министров включительно.
Царь являлся и главой Русской православной церкви, но непосредственными делами церковного управления ведал Святейший Синод, учрежденный еще при Петре I. Он состоял из присутствия и собственно управления. Присутствие объединяло высших иерархов православной церкви, выносивших свои решения по важнейшим вопросам ее жизни. Компетенции Святейшего Синода принадлежали все дела церкви: истолкования церковных догматов, распоряжения по церковной обрядовости и молитвам, назначение церковных должностных лиц, заведование церковным имуществом, церковное просвещение, борьба с еретиками и раскольниками, церковная цензура, судебные дела духовных лиц. Возглавлял это влиятельное ведомство обер-прокурор Святейшего Синода. С 1880 г . и до конца 1905 г . на этой должности бессменно находился К.П. Победоносцев.