Следующие данные о Федоре Юрьевиче относятся уже к 1607 г. В это время он имеет чин стольника при царском дворе. Для представителя рязанской знати это было высоким назначением. Вероятно, его возвысил царь В.И. Шуйский, благоволивший к рязанской знати.
Можно предположить, что Ф.Ю. Булгаков-Денисьев с начала 1607 г. являлся помощником рязанского воеводы князя Б.М. Лыкова. Поэтому когда в конце мая пришла весть о необходимости оказать помощь каширскому воеводе князю A.B. Голицыну, он был назначен вторым воеводой рязанского полка после Лыкова.
Все воеводы 5–7 июня 1607 г. на р. Восьме встретились в бою с войском И.И. Болотникова и A.A. Телятевского и разгромили его. За это царь В.И. Шуйский наградил их золотыми монетами. Ф.Ю. Булгаков-Денисьев получил свой орден после Г.Г. Пушкина.
Во время Тульского похода царя Федор Юрьевич был назначен вторым воеводой Сторожевого полка после князя Б.М. Лыкова. Для рязанского воеводы это было очень почетное назначение.
Интересно отметить, что в списке служилых людей (с сентября 1606 г. по август 1607 г.) Ф.Ю. Булгаков значился по Сибири. В это время ему принадлежало 600 четвертей земли.
После успешного взятия Тулы царскими войсками в октябре 1607 г. Федор Юрьевич вместе с П.П. Ляпуновым был отправлен к Епифани и Крапивне для сражений с отрядами Лжедмитрия II. Хотя воеводы сражались очень мужественно, им пришлось отступить, неся большие потери. Последние сведения о Денисьеве относятся к 1608 г. Он вновь воевода Рязани и занимался сбором дворянского ополчения для борьбы с Тушинским вором. (ПСРЛ. Т. 14. Указ. изд; Разрядная книга 1415–1605. T. IV. Ч. 1–2. Указ. изд.; Народное движение в России в эпоху Смуты начала XVII века. М., 2003.)
Осада Тулы
В источниках отмечается, что царь Василий Иванович ранним утром 21 мая 1607 г. вместе с главными воеводами помолился в кремлевских соборах, сел на коня и в сопровождении войска выступил в поход на своих главных врагов: И.И. Болотникова и «царевича Петрушу». Около Серпухова был назначен сход всех полков и городовых дружин.
На военном совете было решено, что первыми к Туле выступят три полка. Во главе Большого полка были назначены боярин князь М.В. Скопин-Шуйский и боярин И.Н. Романов. Передовой полк возглавили боярин князь И.В. Голицын и Г.П. Ромодановский, Сторожевой полк – боярин В.П. Морозов и Я.В. Зюзин. В 30 верстах от Тулы к этим полкам присоединились каширские отряды под руководством боярина князя A.B. Голицына и Г.Г. Пушкина.