Б.Ф. Годунов, несомненно, постоянно следил за тем, чтобы в Боярской думе его клан Годуновых доминировал. Но уже в начале 1600 г. он мог заметить: у Романовых вскоре будет численный перевес. Боярами были два брата Никитича, Федор и Александр, окольничество получил и Михаил. Следом за ними шли Василий и Иван. Боярами были два мужа их сестер, И.В. Сицкий и Б.К. Черкасский. Кроме того, в близком родстве с ними состояли такие видные бояре, как Ф.И. Мстиславский, И.И. Голицын, А.И. Голицын, В.К. Черкасский, И.М. Воротынский. Всего насчитывалось 10 человек. У самого царя таких близких родственников в Думе было не больше 7 человек. К тому же некоторые из них были уже в преклонном возрасте, например Д.И. Годунов и С.В. Годунов. Дряхлел и сам царь, понимая, что в будущем его юному сыну вряд ли удастся справиться с оппозицией.
Поэтому Борис решил нанести удар по возможным противникам первым. Но это, видимо, была одна из главных его ошибок. По этому поводу один из его современников написал так: «Если бы терн завистной злобы не помрачил цвет его добродетели, то мог бы древним царям уподобиться». Аналогичную мысль о Б.Ф. Годунове высказал и известный историк XIX в. С.М. Соловьев: «Неуверенность в собственном достоинстве, в собственных правах, собственных средствах не могла дать ему необходимого в его положении спокойного величия и развила в нем эту мелкую, болезненную подозрительность, заставлявшую его осквернить царство доносами неслыханными; не имея доверия, уважения к самому себе, он не мог доверять никому». (Соловьев С.М. Сочинения. Книга IV. С. 377.)
Можно предположить, что план расправы над Романовыми был разработан царским родственником С.Н. Годуновым, который был особенно близок Борису. Он возглавлял Челобитный приказ и знал, как можно подкупить кого-либо из слуг братьев Никитичей, чтобы тот написал на них донос.
Осенью 1600 г. через верных людей разработчикам коварного плана удалось выяснить, что казначей А.Н. Романова Второй Бартенев недоволен своим господином и за внушительную плату готов предать его. С.Н. Годунов вызвал к себе Бартенева и, обещая «великое царское жалование», попросил положить в казну Романова небольшой мешочек с ядовитыми корешками. Из них можно было приготовить сильный яд. Затем Бартеневу следовало написать донос в Челобитный приказ об этих корешках.