Вскоре примеру П.П. Ляпунова последовал и веневский воевода Истома Пашков. Во время одного из сражений он перешел на сторону отрядов царя Василия. Это существенно подорвало силы восставших. Окончательного перевеса Шуйскому удалось достичь тогда, когда к нему на помощь пришли городовые дружины из Смоленска под руководством Г. Полтева и из Твери. В этих городах жители не поверили в воскрешение «царя Дмитрия» и встали на сторону нового государя. По дороге к столице смоляне очистили «от воров» Дорогобуж, Вязьму и Можайск, отрезая для Болотникова путь отступления на запад.
В итоге в Москве собралось достаточно большое войско, способное дать отпор болотниковцам. Решающее сражение состоялось 1 декабря 1606 г. в районе деревни Котлы. Руководимое М.В. Скопиным-Шуйским царское войско нанесло восставшим такой удар, что они были вынуждены в спешном порядке отступить к Калуге. Часть казаков оказалась окруженной в Заборье. После непродолжительного сопротивления они сдались.
Так была снята осада столицы.
Бои с болотниковцами у Калуги
Царь Василий не стал успокаиваться на достигнутых успехах. Он решил окончательно расправиться с крамольниками. Поэтому под Серпухов он отправил отряд под началом своего младшего брата И.И. Шуйского, под Арзамас поехал князь боярин И.М. Воротынский, под Михайлов – князь И.А. Хованский, под Калугу – князь H.A. Хованский, под Венев – князь A.B. Хилков, под Козельск – A.B. Измайлов. Вскоре Арзамас, Михайлов и Козельск были освобождены. Однако около Калуги продолжало оставаться опасное положение. В ней находился сам Болотников с войском, численность которого превышала 10 000 человек. Большая их часть была вооружена пищалями и пушками. Поэтому было решено послать под этот город более сильное войско.
В Вельском летописце поход на Калугу описан следующим образом.
«Тое же зимы в Филиппов пост (с 17 декабря) царь Василей Иванович, всеа Руси, послал от себя с Москвы под Калугу бояр своих и воевод: в Большом полку брата своего Ивана Ивановича Шуйского да Ивана Микитича Романова, а в Передовом полку князя Ивана Васильевича Голицына да князя Ивана Даниловича Мезецкого, а в Сторожевом полку Василия Петровича Морозова. И государевы бояре и воеводы, князь Иван Иван Шуйский с товарищи, пришедши под Калугу со многими с ратными, с конными и с пешими людьми и з большим нарядом (артиллерией. – Л.М.
), и на выласке колуских многих воров побили и посады пожгли, и Калугу осадили. А вор Ивашко Болотников с казаками и с северскими людьми заперлися и сели в Калуге в осаде». (Бельский летописец. Указ. изд. С. 149.)