Окольничими были следующие лица: Я.М. Годунов, С.Ф. Сабуров, Д.И. Вельяминов, М.Г. Салтыков, Н.И. Очин-Плещеев, Б.П. Засекин, И.М. Бутурлин, И.С. Туренин.
В Боярскую думу входили и думные дворяне: P.M. Пивов (глава Ямского приказа), И.П. Татищев, Е.Л. Ржевский, князь Т.И. Буйносов, казначей Д.И. Черемисинов, казначей И.В. Траханиотов, печатник Р.В. Алферьев, думный дьяк А.Я. Щелкалов (глава Посольского приказа), его брат В.Я. Щелкалов (глава Разрядного приказа), дьяк Е. Вылузгин (глава Поместного приказа).
Перечень вошедших в Боярскую думу представителей знати показывает, что Федор Иванович стремился к определенному равновесию между ними и не выделял какую-либо одну фамилию. Это позволяло сохранять устойчивость в обществе.
Хотя некоторые польские современники царя Федора пытались представить его в своих сочинениях слабоумным и недееспособным человеком (Л. Сапега), в 1587 г. на сейме активно обсуждался вопрос об избрании русского государя на польский трон. Препятствием для этого стали только различия в вероисповедании и нежелание Федора Ивановича считаться в первую очередь польским королем, а потом уж русским царем.
Большим достижением царя Федора следует считать учреждение в Москве патриаршества. В официальных документах прямо писалось, что инициатором этого важного дела был сам государь.