В целом же представителям знати было сложно выдвинуться при Б.Ф. Годунове, поскольку тот не вел войн и не замечал мирных дел. Со временем царь становился скуп на награды и щедр на опалы. Местом своеобразной ссылки при нем стала Сибирь. Но официально это называлось назначением на воеводство. Так, в 1601 г. в Тобольске служили: Ф.И. Шереметев, через сестру, жену царевича Ивана Ивановича, состоявший в родстве с царским домом; князь В.М. Мосальский, из черниговских Рюриковичей; и Е.М. Пушкин, потомок знаменитого сподвижника Александра Невского Гаврилы Алексича, принадлежащий к древнейшему боярскому роду. Через некоторое время Мосальского и Пушкина назначили еще дальше – в Мангазею.
В Тюмени в это время были на воеводстве князь A.Д. Приимков-Ростовский и Ф.С. Пушкин, в Сургуте – князь Я.П. Барятинский, в Березове – его родственник князь И.М. Барятинский, в Таре – князь А.И. Бахтеяров-Ростовский, в Пелыме – князь В.Г. Долгорукий и Г.Г. Пушкин, в Верхотурье – князь М.Д. Лыков, в Яранске – князь A.A. Репнин, потом его сменил князь В.Д. Шестунов. Отправляя на службу в маленькие города-крепости почти на край земли в то время потомственных князей-Рюриковичей, Годунов, несомненно, хотел их унизить и как бы сбить родовую спесь, о которой сам мог лишь мечтать. Но он не понимал, что все эти люди лишь копят в своем сердце ненависть к нему и при удобном случае отомстят за унижения.
Еще одним местом ссылки при царе Борисе было Поволжье. Там продолжали находиться многочисленные Нагие, но не в тюрьмах, а на воеводской службе. В Уфе служил М.А. Нагой, в Арске – A.A. Нагой, в Алаторе – И.С. Нагой, в Санчурске – М.Ф. Нагой. Рядом с ними находились и Головины, высланные из Москвы еще царем Федором: в Уржуме – В.П. Головин, в Кокшайске – B. П. Головин.
Совершенно очевидно, что к концу правления Б.Ф. Годунов смог накопить много врагов среди русской знати. В Сибири и в Поволжье появились целые районы, где находились его противники. Наверняка некоторые из них строили планы о том, как свергнуть ненавистного худородного выскочку. Поэтому вполне вероятно, что авантюра с воскрешением «царевича Дмитрия» была задумана с их участием.
Автор «Истории в память сущим» писал: «И таковых ради всех дел, их же сотвори, Борис в ненависть бывает всему миру, но оттай уже и вси поношаху его ради крови неповинных и разграблений имений и нововводимых дел». Кроме того, этот писатель мудро заметил, что попытки царя истребить возможных противников внутри страны оказались бессмысленными: «Не попусти, убо содержай вся словом, никого же из тех, их же стрегийся Борис царь, не воста на него ни от вельмож, их же роды погуби, ни от царей странских, но кого Бог попусти, смеху достойно сказание, плача же велика дело». (Сказание Авраамия Палицына. С. 258, 260.)