Призыв Лжедмитрия настолько воодушевил москвичей, что они тут же бросились в Кремль, вывели из царского дворца Марию Григорьевну, Федора и Ксению и на водовозной телеге под оскорбительные крики отвезли их на старый двор Бориса Годунова, который находился неподалеку. Потом они разграбили дворы всех Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых и посадили их в темницы. Там их оказалось 37 человек. Никто из бояр не отважился их защитить. Только Ф.И. Мстиславский посоветовал отправить пленных в ставку самозванца, находящуюся в Туле. В итоге 15 июня часть их была выслана из Москвы в Тулу, остальных, по указанию «Дмитрия», направили в приволжские города в ссылку.
Значительно серьезнее пострадали Годуновы. Самый ненавистный из них С.Н. Годунов был убит, С.В. Годунова постригли в отдаленный монастырь, его сына Семена с родственниками послали в сибирские тюрьмы.
Хотя самозванец просил москвичей ничего не трогать в Кремле, разбушевавшаяся толпа разграбила многие подвалы и хранилища. Особенно воодушевили горожан бочки с вином и медом. Они выбивали днища и черпали горячительную жидкость шапками и даже сапогами. После этого была обнаружена восковая фигура ангела, которую использовали для отливки золотых скульптур для храма Святая Святых. Захмелевшие москвичи почему-то решили, что именно эта фигура лежала в гробу царя Бориса во время похорон. Получалось, что сам государь жив и где-то скрывается. Когда кто-то крикнул, что он направился в Англию через Архангельский порт, то некоторые даже решили броситься за ним в погоню. Для установления истины было решено вскрыть гробницу царя. Так было совершено неслыханное святотатство: тело недавно погребенного Бориса было вытащено из гробницы и выставлено на всеобщее обозрение. Только вмешательство духовенства остановило толпу от надругательства над умершим. Было решено вновь захоронить останки царя, но не в Успенском соборе, а в храме небольшого Варсонофиевского монастыря на окраине города.
Не избежал народного гнева и патриарх Иов. Его подворье полностью было разграблено, а сам он был подвергнут всяческим оскорблениям. Затем, по указанию Лжедмитрия, с Иова ободрали святительскую мантию и на простой телеге отвезли в Старицкий монастырь. Возможно, самозванец опасался, что патриарх признает в нем своего келейника и публично об этом заявит.
Только через несколько дней бояре смогли навести в столице порядок. Они выставили всюду стражу и отправили в Тулу делегацию тех, кто хотел заявить «Дмитрию Ивановичу» о своей готовности ему служить. Первыми отправились князья И.М. Воротынский, Н.Р. Трубецкой, A.A. Телятевский и П.Н. Шереметев и думный дьяк А. Власьев. Все, кроме Телятевского, были милостиво прощены и допущены лицезреть государя.
Хотя Лжедмитрий был на вершине триумфа, свергнутые Годуновы его пугали. Зная переменчивый нрав русских людей, он решил заранее себя обезопасить. Кроме того, новые подданные должны были доказать ему свою преданность. Поэтому в Москву были отправлены новый боярин В.М. Мосальский, князь В.В. Голицын с печатником Б. Сутуповым и дьяком А. Шерефетдиновым. Им было поручено подготовить столицу к встрече «прирожденного государя» и окончательно решить судьбу прежних правителей.
Утром 7 июня посланцы в окружении стрельцов вошли в старый дом Бориса. Там они набросились на Федора и Марию Григорьевну и задушили их. Царевну Ксению они не тронули, поскольку никакой опасности она не представляла. К тому же любвеобильный Гришка Отрепьев всегда мечтал увидеть красавицу-царевну, а теперь он имел возможность даже сделать ее своей наложницей. Поэтому Ксению отвели в дом к князю Мосальскому, где ей следовало быть до приезда Лжедмитрия.
Так бесславно закончилось правление первого в истории России выборного государя Б.Ф. Годунова и его сына Федора. Оба они оказались не готовы к тому чтобы сесть на царский престол и достойно править. Русское общество также было не готово к тому чтобы избирать своего правителя и верно ему служить.