Так погиб этот замечательный деятель Смутного времени, «бодренный воевода» и «властель Московского воинства», по выражению летописцев. К сожалению, несомненная храбрость и талантливость соединялись у него с недостатком осмотрительности и рассудительности. Одушевленный главной идеей очистить Россию от поляков, он не затруднился заключать сомнительные союзы: готов был призвать опять шведов, думал даже воспользоваться Сапегой, а главное, слишком неосторожно то враждовал, то дружил с такой ненадежной силой, каковой тогда было казачество, да еще во главе со столь злонравной личностью, как Иван Заруцкий. Впрочем, в сем отношении нельзя осуждать Ляпунова: казачество все-таки считалось служилым сословием, и если оно более других классов обнаружило наклонности к своеволию и воровскому образу действия, то существовало и могучее звено, связывавшее его с земством, именно православие и русская народность казачества; а борьба велась тогда главным образом под знаменем православия. Но, по-видимому, в самом служилом сословии дворян и детей боярских еще была какая-то шатость или крамола в отношении Ляпунова; иначе трудно объяснить, почему он принужден был пойти почти на явную смерть и почему земское ополчение так мало оказало ему защиты. Без сомнения, своей гордостью и повелительным тоном он вооружил против себя даже многих товарищей. Будучи только думным дворянином, Ляпунов, по словам летописца, «вознесся не по своей мере»: он высокомерно обращался не только с боярскими детьми, но и с самими боярами; приходившие к нему на поклон прежде, нежели допускались в его избу, многое время стояли перед ней. Он был слишком горяч, невоздержан на язык и легко разражался крупной бранью, не обращая внимания на заслуги и знатную породу. Во всяком случае, его недостатки не могут в глазах истории затмить его славу как даровитого, энергичного вождя и ревностного патриота, положившего свой живот на службе погибавшему отечеству.
По смерти Ляпунова Заруцкий, наружно как бы не принимавший участия в его гибели, сделался действительным главой русского ополчения, стоявшего под Москвой. Хотя правительственные грамоты писались теперь от лица двоих, то есть его и Трубецкого, последний по слабости характера обыкновенно подчинялся Заруцкому. Чтобы утвердить за собой это верховенство, он воспользовался новым подкреплением, пришедшим из Казани и низовых областей и принесшим с собой образ Казанской Божьей Матери (собственно, список с нее), и взял приступом Новодевичий монастырь. Засевшие там поляки и немцы были большей частью изрублены, а старицы отправлены во владимирские монастыри. Но тем и ограничились успехи русского ополчения. Смерть Ляпунова все-таки произвела в нем большое расстройство. Казаки сделались еще необузданнее в своих грабежах и насилиях; а осиротелые дворяне и дети боярские, поступившие теперь под главное начальство Заруцкого, упали духом, подверглись обидам, побоям и даже убийствам от казачества, и многие из них разъехались по домам. Впрочем, нашлись и такие, которые «купили» себе у Заруцкого разные прибыльные места, например областных воевод или заведующих приказами, и уехали в города.
Вообще наступившее под Москвой исключительное господство казацкого ополчения ознаменовалось насилиями и жестокостями этой необузданной вольницы, не разбиравшей ни своих, ни чужих, ни пола, ни возраста, ни состояния. Вот какими чертами изображает ее неистовства грамота сидевшего в Москве временного боярского правительства, отправленная (в январе 1612 г.) в некоторые северные города с увещанием оставаться верными королевичу Владиславу: «Беспрестанно ездя по городам из подмосковных таборов, казаки грабят, разбивают и невинную кровь христианскую проливают; боярынь и простых жен и девиц насилуют, церкви Божии разоряют, святые иконы обдирают и ругаются над ними так, что и писать о том страшно. А когда Ивашка Заруцкий с товарищами взяли Новодевичий монастырь, они также разорили церковь и ободрали образа, и таких черниц, как бывшую королеву (Ливонскую) дочь Владимира Андреевича и Ольгу, дочь царя Бориса, на которых прежде и глядеть не смели, ограбили донага, а иных бедных черниц грабили и насиловали; а как пошли из монастыря, то его выжгли. Они считаются христианами, а сами хуже жидов». При сем боярское правительство, впрочем с явным пристрастием, уверяет, будто польские и литовские люди хотя и чужеземцы, но жалеют жителей и скорбят об их разорении.