1 июня происходило торжественное царское венчание в Успенском соборе с обычными обрядами. Его совершал митрополит Новогородский Исидор, за отсутствием патриарха. Ставленник самозванца Игнатий был низведен Василием Ивановичем с престола и заключен в Чудов монастырь; а прежний патриарх Иов хотя еще был жив, но совсем ослеп. Поэтому собор епископов 25 мая выбрал нового патриарха, именно казанского митрополита Гермогена, навлекшего на себя немилость самозванца и сосланного им в свою епархию. Ко дню царского венчания нареченный патриарх еще не успел прибыть в Москву. Вопреки обычаю, это венчание не сопровождалось щедрыми наградами и милостями. Шуйский справедливо указывал на то, что безмерная расточительность ложного Димитрия совершенно истощила царскую казну; тем не менее служилый класс остался недоволен и обвинял нового царя в скупости и неблагодарности. Кроме того, Василий Иванович сделал следующую важную ошибку: тех бояр, дьяков и дворян, которые были известны преданностью самозванцу, он поспешил удалить из Москвы, отправить их воеводами в дальние города, например: князя Василия Масальского в Корелу, Михаила Салтыкова в Ивангород, Богдана Бельского в Казань, Афанасия Власьева в Уфу, князя Григория Шаховского в Путивль, Андрея Телятевского в Чернигов. Этой мерой он сам способствовал будущему отпадению от него многих областей. У некоторых дворян он даже отнял поместья и вотчины, чем явно нарушил помянутое обещание: никому не мстить за прежние обиды.
Однако были приняты и некоторые вполне благоразумные меры. Таковой в особенности является перенесение мощей царевича Димитрия Угличского.
Уже вместе с известительными и присяжными грамотами нового царя была разослана городам покаянная грамота от царицы инокини Марфы. Тут она рассказывала, как самозванец прельстил ее признать его своим сыном; а настоящий ее сын, убитый, лежит в Угличе. Когда же пошел слух о том, будто названый царь Димитрий спасся во время погрома 17 мая и убежал из Москвы, царь Василий поспешил торжественно перевезти в столицу тело убиенного царевича. Для сего отправлены были в Углич из духовенства ростовский митрополит Филарет, астраханский архиепископ Феодосий, архимандриты Сергий Спасский и Авраамий Андроньевский, а из бояр князь Иван Михайлович Воротынский, Петр Никитич Шереметев и двое Нагих. Они отписали в Москву, что нашли мощи благоверного царевича Димитрия в целости, только в некоторых местах немного повредились; на нем жемчужное ожерелье, кафтан, камчатная шитая золотом и серебром рубашка и тафтяной, также шитый золотом и серебром убрус в левой руке, а в правой горсть орехов, которыми он тешился, когда его убили. 3 июня привезли мощи в Москву. Царь с инокиней Марфой, со всем освященным собором, с боярами и всем народом встретили их с крестным ходом и колокольным звоном у ворот Белого города и проводили в Архангельский собор, где положили в открытой раке, в приделе Ивана Предтечи. Тут в соборе царица-инокиня перед духовенством и боярами повинилась царю в том, что под угрозами мучительства и смерти так долго терпела обман самозванца и просила ей тот поневольный грех простить. Царь и весь освященный собор Марфу простили и молили Бога, чтобы Он ее душу от такого великого греха освободил. О всем том составлена была особая грамота и разослана в города; в ней сообщалось также, что поставленные в Архангельском соборе мощи святого отрока-мученика проявили обычные в таком случае чудеса, то есть исцеление больных и расслабленных. Новоявленному мученику сочинены были стихиры и каноны и установлены церковные памяти. Сия нововодворенная в Москве святыня, несомненно, подействовала на умы и воображение столичных жителей и вообще немало способствовала успеху последующей обороны москвичей от второго Лжедимитрия.