Софья встревожилась: в первый раз она видела гнев Петра и испугалась его последствий! Одна мысль потерять свою власть была для нее ужасна! Она готова была на все, чтобы только удержать ее. К тому же ее гордая душа никого не любила: она могла легко пожертвовать обоими братьями. Но старший не был опасен: надо было избавиться только от младшего. Представьте, друзья мои, она решилась на это! Главным ее помощником в этом ужасном деле был командир стрельцов, Шакловитый, занявший место старика Хованского, и с ним восемь стрелецких полковников. Эти злодеи так же, как и Милославский, воспользовались легковерием и беспокойным нравом стрельцов и снова обманули их, распространив среди них несправедливые слухи. Они их уверили, что царь Петр, вводя Немецкие обычаи и Немецкое войско, хочет изменить веру и восстать против своего брата Иоанна. Услышав такие вести, дерзкие стрельцы, незадолго перед тем осыпанные милостями царевны за второй поход в Крым, готовы были для угождения ей решиться на ужасное злодеяние: умертвить Петра и всех его приверженцев. В ту же ночь назначено было идти для этого в Преображенское.
Но Бог чудесно показал свою милость к Русскому герою! В то самое время, когда стрельцы-заговорщики толковали о своем ужасном намерении, в их толпе нашлись два человека — Михаил Феоктистов и Димитрий Мельнов — не забывшие, что на небесах есть Господь, наказывающий за преступления: им стало страшно быть соучастниками злодеев, и они поспешили в Преображенское, чтобы упасть к ногам царя и открыть ему заговор.
Петр ласково и с благодарностью принял раскаявшихся преступников и в тот же час уехал со всем своим семейством в Троице-Сергиевский монастырь. Между тем через несколько часов после его отъезда, приехал в Преображенское Шакловитый.
Сколько злобы, досады и страха почувствовал он, увидев, что жертва ускользнула от него! Уныло возвратился он в Москву; как убитый, явился к Софье. Царевна ужаснулась, услышав его рассказ: ей казалось, что спасение Петра куплено ценой ее собственной гибели! В порыве отчаяния, в предчувствии своей судьбы она не знала, на что решиться. То уговаривала стрельцов довершить заговор Шакловитого общим восстанием, то клеветала на Петра старшему брату, то просила советов у князя Голицына, то снова отвергала их! Все было безуспешно: стрельцы не хотели больше слышать о мятеже и без всякого сопротивления выдали Петру всех сообщников заговора и самого Шакловитого. Царь Иоанн так любил и уважал брата, что не мог поверить десятой части рассказов царевны, а Голицын никогда не одобрял замыслов Софьи в покушении на жизнь брата, но советовал ей скорее уехать в Польшу.
Между тем как виновная правительница находилась в таком состоянии мучительной нерешительности, в Троицком монастыре производили расследование заговора, и назначенные Петром бояре уже открыли все подробности преступления Софьи и ее сообщников. Главные из них вместе с Шакловитым были казнены; другим отрезали язык, остальных сослали в Сибирь. Наказывая их, Петр все еще медлил наказывать Софью; он все еще уважал в ней дочь своего отца! Софья хотела воспользоваться его великодушием и после потери усердных помощников, уже не имея надежды погубить своего великого брата, начала стремиться к примирению с ним. Для этого она просила свою тетку, царевну Татьяну Михайловну, и сестер Марфу и Марию съездить в Сергиевский монастырь и уверить Петра, что стрельцы оклеветали ее. Царь увидел в этом поступке только новую хитрость своей сестры и предъявил трем царевнам такие ясные доказательства ее вины, что они все не захотели вернуться в Москву и остались в монастыре. Вслед за этим неудачным посольством Софья отправила к брату патриарха Иоакима, который, узнав подробно о преступлениях правительницы, последовал примеру ее сестер и отказался просить за нее царя. Царевна не пришла в уныние и на этот раз и поехала сама увидеться с братом, но Петр отказал ей в том и, видя ее желание оправдаться и пользоваться прежней властью, поспешил решить ее судьбу: она была лишена звания правительницы и пострижена в монахини под именем Сусанны в Московском Новодевичьем монастыре. Здесь она провела 16 лет и скончалась в июле 1704 года. Князь Василий Голицын и его сын были лишены боярского достоинства и сосланы в вечную ссылку.