Зимою 1595—1596 г. Наливайко соединился с казацким гетманом Лободою, и восстание начало принимать угрожающие размеры. Король выслал против казаков гетмана Жолкевского. Война с ними упорно продолжалась до конца мая 1596 года: казаки, теснимые польскими войсками, перешли на левый берег Днепра и были осаждены близ Лубен: между ними поднялись раздоры; Наливайко низвергнул с гетманства Лободу, умертвил его, сам сделался гетманом, и был в свою очередь низвергнут, выдан полякам и казнен смертью в Варшаве.
Когда, таким образом, поляки занимались укрощением восстания русских, принимавшего отчасти характер борьбы против унии, в Риме посланники от русского духовенства, владимирский и луцкий епископы, были приняты с подобающей честью, удостоились поцеловать папскую ногу и 2 декабря 1595 г. от лица русского духовенства прочитали исповедание веры по римско-католическому учению. В начале 1596 года они возвратились на родину. Здесь ожидало их противодействие от братств и от Острожского. В виленском братстве напечатана была «Книга Кирилла об Антихристе», сочиненная Стефаном Зизанием. Книга была направлена против папизма; в ней доказывалось ни более ни менее как то, что папа есть тот антихрист, о котором сохранялось предречение, а время унии есть время антихристова царства. Книга эта с жадностью читалась духовенством и грамотными мирянами. Король, услышавши об ее успехе, был очень разгневан, приказал запретить книгу, схватить и заключить в тюрьму ее автора и его двух сообщников. Львовское братство, с своей стороны противодействуя затеям унии, так напугало своего епископа, что Гедеон решился отступить от унии и подал в суд протестацию, в которой уверял, что если и подписывал наравне с другими архиереями согласие на унию, то не знал сам, в чем дело, потому что подписывал белую бумагу, а на этой бумаге, уже после его подписи, написано было то, чего ему и не хотелось.
Острожский известил восточных патриархов; по просьбе его назначены были протосинкеллы (наместники): от константинопольского патриарха Никифор, от александрийского – Кирилл. Король оповестил, чтобы русские епископы собрались на собор в Бресте к 6 октября 1596 года для окончательного утверждения унии.
К назначенному королем времени Острожский подготовил и свой собор в Бресте же.[95]
Собор этот состоял из двух патриарших протосинкеллов, двух восточных архимандритов, двух русских епископов, Гедеона львовского и Михаила Копытенского, сербского митрополита Луки, нескольких русских архимандритов, протопопов и двухсот особ шляхетского звания, которых пригласил с собою Острожский.Протосинкелл Никифор председательствовал на этом православном соборе. Сообразно древним обычаям церковного суда, он послал к киевскому митрополиту троекратный вызов к собору для оправдания, но митрополит не явился и объявил, что он с епископами подчинился западной церкви; тогда православный собор лишил сана как митрополита, так и епископов: владимирского, луцкого, полоцкого (Германа), холмского (Дионисия) и пинского Иону.
Со своей стороны, принявшие унию духовные отплатили не принявшим ее тем же самым: они лишили сана епископов львовского и перемышльского, архимандрита печерского Никифора Тура и всех русских духовных, бывших на православном соборе. Приговор каждому из них был послан в такой форме: «Кто тебя, от нас проклятого, будет считать в прежнем сане, тот сам проклят будет от Отца, и Сына, и Святаго Духа!»
Обе стороны обратились к королю. Православные ссылались на существовавшие постановления, просили не считать низложенных духовных в их прежнем сане, отнять у них церковные имения и отдать тем лицам, которые, вместо них, будут избраны. Король взял сторону униатов и приказал арестовать Никифора, на которого принявшие унию особенно злились. Острожский взял его на поруки. Дело о нем отложили до 1597 года.