Правительство объявило и приказывало народу верить, что смерть царевича произошла от самоубийства, но в народе сохранилось убеждение, что царевич был зарезан, по тайному приказанию Бориса. Ходили об этом разные рассказы и были вносимы в летописи. К счастью для истории, сохранился один рассказ, носящий на себе явные признаки того, что он составлен современником, и притом близко знавшим об этом событии. По этому рассказу царевич Димитрий в день своей смерти чувствовал себя нездоровым, но, по обычаю, отслушал обедню, пришедши домой, переменил платье; ему принесли богородицын хлебец (просфору). Царевич съел просфору и потом попросил пить, а после того пошел со своей кормилицей Тучковой-Ждановой погулять. Матери с ним не было. Дяди Нагие разъехались обедать. Когда царевич с кормилицей подошел к церкви Св. Константина и Елены, появились Качалов и Данило Битяговский, ударили кормилицу палкой, чтобы ошеломить ее, и в то же мгновение перерезали царевичу горло, а сами стали громко кричать… Прибежала царица, схватила царевича на руки… он умер. Царица велела ударить в набат, сбежался народ; царица с воплем кричала, что царевича зарезали, указывала на убийц… народ в остервенении побил камнями тех, на кого она указала.
Из этого рассказа видно, что свидетелей убийства, собственно, не было. Сама кормилица не могла прямо сказать, что видела, как его зарезали; она могла только возбудить подозрение рассказом о том, как ее ударили. За то кормилицу, вместе с ее мужем, приказано было взять «бережно», наблюдая, чтобы они с дороги не убежали, и привезти в Москву. Неизвестно, куда делась эта несчастная супружеская чета.
Остается неизвестным, в какой степени с согласия Бориса убийцы совершили это дело: был ли им дан положительный намек, или же, быть может, они сами поняли, что если ловко обделают это дело, то Борис сумеет их наградить, не сказавши, за что он награждает. Им не удалось получить награды; Борис только облагодетельствовал их семейства.
Вскоре после смерти царевича, 23 мая, на праздник Троицы, во время отсутствия царя, уехавшего в Сергиев монастырь, вспыхнул в Москве пожар, обративший в пепел значительную часть Белого города. Борис тотчас начал раздавать пособие погоревшим и за собственный счет отстраивал целые улицы. Несмотря на такую щедрость, в народе ходили слухи, что пожар произведен был людьми Годунова, по его приказанию, для того, чтобы отвлечь внимание столицы от совершенного убийства. Годунов, со своей стороны, обвинял в поджигательстве людей Нагих.
Менее чем два месяца спустя, столица испытала новую тревогу. Крымский хан Казы-Гирей долго обманывал Москву, уверял, что будет посылать татар на Литву, а на Москву не пошлет, и вдруг неожиданно бросился с громадною силою в русские пределы. Тогда ожидали разрыва со Швецией и сосредотачивали военные силы на севере. Хан так скоро очутился на Оке, что русские думали только о защите столицы. Осторожный Борис не взял на себя главного начальства над войском, оборонявшим Москву, а поручил его князю Федору Мстиславскому, сам же занял после него второе место. 4-го июля хан подошел к селу Коломенскому; русские стояли в обозе. Татары побились с русскими и потеряли несколько мурз. Хан ввечеру приблизился к селу Воробьеву и смотрел с вершины горы на Москву. Годунов приказал без умолку палить из пушек, а русские пленники сказали хану, что в Москве стреляют от радости, потому что туда пришли новые силы из Новгорода и других мест, и готовы на другой день утром ударить на хана. Хан немедленно бежал со всеми своими силами. Мстиславский и Годунов погнались за неприятелем, разбили его отставшие полчища близ Тулы, но хана не могли нагнать. Он ускакал в простой телеге в Бакчисарай, растерявши по дороге множество своих воинов.
Хотя Годунов, ожидая хана, сдал главное начальство Мстиславскому, но этот последний получил от имени царя выговор за то, что в своем донесении не упомянул имени Бориса. Вся честь победы должна была приписываться Борису: об этом велено было рассказывать и на чужих землях. Борис принял тогда титул «слуги», который, по тогдашнему придворному обычаю, давался за важные победы. В память спасения Москвы заложен был монастырь, названный Донским, от имени иконы Богородицы, находившейся с Димитрием на Куликовом поле; она же была и с Годуновым при защите Москвы от Казы-Гирея.